Question

我有一个包含数百列的非常大的文本文件。我想从包含列表的独立文本文件中为每列添加标题。

我的大文件如下：

largefile.txt
chrom start end 0 1 0 1 0 0 0 etc
chrom start end 0 0 0 0 1 1 1 etc
chrom start end 0 0 0 1 1 1 1 etc

我的标题列表：

headers.txt
h1
h2
h3

想要输出：

output.txt
                h1 h2 h3 h4 h5 h6 h7 etc..
chrom start end 0 1 0 1 0 0 0 etc
chrom start end 0 0 0 0 1 1 1 etc
chrom start end 0 0 0 1 1 1 1 etc

Answer 1

嗯，这是一个。 OFS是眼睛糖果的标签。从OP我得出结论，标题应该从第四个字段开始，因此代码中有+3个。

$ awk -v OFS="\t" '               # tab OFS
NR==FNR { a[NR]=$1; n=NR; next }  # has headers
FNR==1  {                         # print headers in the beginning of 2nd file
    $1=$1                         # rebuild record for tabs
    b=$0                          # buffer record
    $0=""                         # clear record
    for(i=1;i<=n;i++)             # spread head to fields
        $(i+3)=a[i]
    print $0 ORS b                # output head and buffered first record
}
{ $1=$1 }1' head data             # implicit print with record rebuild
                        h1      h2      h3
chrom   start   end     0       1       0       1       0       0       0       etc
chrom   start   end     0       0       0       0       1       1       1       etc
chrom   start   end     0       0       0       1       1       1       1       etc

然后，这也可以解决问题：

$ awk 'NR==FNR{h=h (NR==1?"":OFS) $0;next}FNR==1{print OFS OFS OFS h}1' head date
   h1 h2 h3
chrom start end 0 1 0 1 0 0 0 etc
chrom start end 0 0 0 0 1 1 1 etc
chrom start end 0 0 0 1 1 1 1 etc

Answer 2

$ awk 'NR==FNR{h=h OFS $0; next} FNR==1{print OFS OFS h} 1' head large | column -s ' ' -t
                   h1  h2  h3
chrom  start  end  0   1   0   1  0  0  0  etc
chrom  start  end  0   0   0   0  1  1  1  etc
chrom  start  end  0   0   0   1  1  1  1  etc

或者如果您愿意：

$ awk -v OFS='\t' 'NR==FNR{h=h OFS $0; next} FNR==1{print OFS OFS h} {$1=$1}1' head large
                        h1      h2      h3
chrom   start   end     0       1       0       1       0       0       0       etc
chrom   start   end     0       0       0       0       1       1       1       etc
chrom   start   end     0       0       0       1       1       1       1       etc

Answer 3

使用粘贴将标题转移到一行，然后将它们与主文件一起捕捉（-而不是文件名意味着stdin到cat）：

$ paste -s -d' ' headers.txt | cat - largefile.txt

如果您确实需要在示例输出中排列标题，您可以预处理（手动或使用命令）头文件，或者您可以使用sed（仅一个选项）完成，如下所示：

$ paste -s -d' ' headers.txt | cat - largefile.txt | sed '1 s/^/                /'
                h1 h2 h3
chrom start end 0 1 0 1 0 0 0 etc
chrom start end 0 0 0 0 1 1 1 etc
chrom start end 0 0 0 1 1 1 1 etc

将标题添加到列表文本文件awk中的列

3 个答案: