Question

我的问题与this one类似，区别在于我的不同参数不是数字而是字符串。

如果我有一个脚本（myscript.R），它接受两个字符串作为参数：＆＃34; text-a＆＃34;，＆＃34; text-A＆＃34;。我的sbatch shell脚本是：

#!/bin/bash

#SBATCH -n 1
#SBATCH -c 12
#SBATCH -t 120:00:00
#SBATCH --partition=main
#SBATCH --export=ALL

srun ./myscript.R "text-a" "text-A"

现在我有几个不同的输入字符串，我想与之一起运行：

first <- c("text-a","text-b","text-c","text-d")
second <- c("text-A","text-B","text-C","text-D")

我希望运行带有文本组合的myscript.R，例如：

srun ./myscript.R "text-a" "text-A"
srun ./myscript.R "text-b" "text-B"
srun ./myscript.R "text-c" "text-C"
srun ./myscript.R "text-d" "text-D"

但如果我把它们放在同一个shell脚本中，它们会按顺序运行。我只知道当参数是索引时我可以使用#SBATCH -a 0-10。如果我想同时提交四个脚本，并且每个脚本都具有完全相同的设置（特别是每个脚本需要分配-c 12），我该怎么做？

谢谢！

Answer 1

您可以在数组中存储de参数值列表，并使用SLURM_ARRAY_TASK_ID env变量来索引该数组。

#!/bin/bash

#SBATCH -n 1
#SBATCH -c 12
#SBATCH -t 120:00:00
#SBATCH --partition=main
#SBATCH --export=ALL
#SBATCH --array=0-3

A=(text-{a..d}) # This is equivalent to A=(text-a text-b ... text-d)
B=(text-{A..D})

srun ./myscript.R "${A[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}" "${B[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}"

，只需使用sbatch提交。

SLURM sbatch作业数组用于相同的脚本但具有不同的输入字符串参数并行运行

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