Question

我可以使用h5py在Python中创建HDF5文件，例如

    import numpy as np
    import h5py


    outfile = np.zeros((5,2))
    for i in range(5):
        outfile[i] = i


    print(outfile)
    print(outfile.dtype)

    f = h5py.File('TF.hdf5', 'w')
    dset = f.create_dataset('FT', data = outfile, dtype = 'd')

这将打印数据，验证数据是否为float64类型，然后将数据保存到HDF5文件，使数据类型显式。

然后我可以在Fortran中读取这个HDF5文件，

    PROGRAM HDF_READER

    USE HDF5

    USE HDF5 ! This module contains all necessary modules

    IMPLICIT NONE

    CHARACTER(LEN=8), PARAMETER :: filename = "TF.hdf5" ! File name
    CHARACTER(LEN=4), PARAMETER :: dsetname = "FT"     ! Dataset name

    INTEGER(HID_T) :: file_id       ! File identifier
    INTEGER(HID_T) :: dset_id       ! Dataset identifier
    INTEGER(HID_T) :: space_id       ! Dataspace identifier
    INTEGER(HID_T) :: dtype_id       ! Dataspace identifier

    INTEGER     ::   error ! Error flag
    INTEGER     ::  i, j, cols, rows

    REAL(KIND = 8), DIMENSION(:,:), ALLOCATABLE :: dset_data
    INTEGER(HSIZE_T), DIMENSION(2) :: data_dims
    INTEGER(HSIZE_T), DIMENSION(2) :: max_dims                  


    print *, 'Starting HDF5 Fortran Read'



   ! Initialize FORTRAN interface.

   CALL h5open_f(error)


   ! Open an existing file.

   CALL h5fopen_f (filename, H5F_ACC_RDWR_F, file_id, error)


   ! Open an existing dataset.

   CALL h5dopen_f(file_id, dsetname, dset_id, error)


   !Get dataspace ID
   CALL h5dget_space_f(dset_id, space_id,error)


   !Get dataspace dims

   CALL h5sget_simple_extent_dims_f(space_id,data_dims, max_dims, error)

   cols = data_dims(1)
   rows = data_dims(2)

   !Allocate dimensions to dset_data for reading
   ALLOCATE(dset_data(cols, rows))


   !Get data
   CALL h5dread_f(dset_id, H5T_NATIVE_INTEGER, dset_data, data_dims, error)



   print *, dset_data

   CALL h5close_f(error)



   END PROGRAM HDF_READER

然而，这会打印出一堆极端数字，表示无法从HDF5文件中正确读取数据。

然而如果我将dset_data数组设置为整数类型，即INTEGER, DIMENSION(:,:), ALLOCATABLE :: dset_data则没有问题，并且整数数字打印正确。

关于如何使双精度浮点数适用的任何想法？

谢谢

Answer 1

在HDF5中，数据以给定的数据类型存储。在读取数据时，还要指定＆＃34;内存中＆＃34;数据类型明确。 HDF5将处理 in 文件中的文件格式，并将其（如果需要）转换为内存中的＆＃34;＆＃34;您指定的数据类型。 Fortran中的HDF5基于C库，最终需要知道这些信息。

因此，您必须指定代替H5T_NATIVE_INTEGER数组的数据类型。在这里，real(kind=8)可能是H5T_NATIVE_DOUBLE，但您也可以声明您的数组double precision。

您会看到整数的正确数据，因为您在文件中存储了圆形浮点数。否则，结果将在阅读时四舍五入。

从Fortran中的HDF5文件中读取浮点数组

1 个答案: