我试图用y轴上的模块,x轴上的富集分数,基于点大小的数据集中的基因数量以及基于颜色的p值显示基因富集。我无法获得渐变色标来表示整个p值范围。我试图寻找现有的示例代码来调整渐变比例的限制,但仍然无法让它代表我所希望的。有人可以帮忙吗?非常感谢提前。
这是基本代码(我已经在渐变比例上尝试了几次迭代,但没有运气):
ggplot(test, aes(x=combined, y=order, colour=p.adjust, size=count)) +
geom_point() +
scale_colour_gradient(low="red", high="blue") +
theme_bw()
示例数据表:
count p.adjust combined order
15 4.81E-09 67 1
92 6.83E-15 57 2
88 1.15E-15 54 3
79 1.07E-09 54 4
89 8.95E-13 44 5
81 1.58E-10 41 6
61 1.75E-09 40 7
61 1.75E-09 40 8
117 1.57E-13 38 9
85 3.99E-11 37 10
162 7.81E-18 37 11
86 1.69E-11 36 12
51 2.17E-08 36 13
53 2.68E-09 36 14
53 2.68E-09 35 15
53 2.83E-08 33 16
83 2.24E-10 32 17
50 6.43E-08 32 18
81 1.24E-09 29 19
51 5.87E-06 29 20
80 2.47E-09 28 21
15 7.87E-05 27 22
55 1.31E-06 26 23
78 1.12E-08 25 24