ggplot中的梯度刻度

时间:2017-04-26 15:34:25

标签: r ggplot2 gradient

我试图用y轴上的模块,x轴上的富集分数,基于点大小的数据集中的基因数量以及基于颜色的p值显示基因富集。我无法获得渐变色标来表示整个p值范围。我试图寻找现有的示例代码来调整渐变比例的限制,但仍然无法让它代表我所希望的。有人可以帮忙吗?非常感谢提前。

这是基本代码(我已经在渐变比例上尝试了几次迭代,但没有运气):

ggplot(test, aes(x=combined, y=order, colour=p.adjust, size=count)) + 
  geom_point() + 
  scale_colour_gradient(low="red", high="blue") + 
  theme_bw()

示例数据表:

count     p.adjust  combined  order
    15  4.81E-09        67         1
    92  6.83E-15        57         2
    88  1.15E-15        54         3
    79  1.07E-09        54         4
    89  8.95E-13        44         5
    81  1.58E-10        41         6
    61  1.75E-09        40         7
    61  1.75E-09        40         8
   117  1.57E-13        38         9
    85  3.99E-11        37        10
   162  7.81E-18        37        11
    86  1.69E-11        36        12
    51  2.17E-08        36        13
    53  2.68E-09        36        14
    53  2.68E-09        35        15
    53  2.83E-08        33        16
    83  2.24E-10        32        17
    50  6.43E-08        32        18
    81  1.24E-09        29        19
    51  5.87E-06        29        20
    80  2.47E-09        28        21
    15  7.87E-05        27        22
    55  1.31E-06        26        23
    78  1.12E-08        25        24

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