从multi fasta文件中的fasta序列末尾删除空格（*）

Question

我有一个multifasta文件包含来自2个abinitio工具的预测蛋白质。每个序列最后都包含一个空格（*）。我想从文件中删除它。我的序列是这样的：

>snapgene1
SFLPSAEAIEKVLSHMSRRIIDDMKAELQQPEMRWFWP*
>snapgene2
SFLPSAEAIEKVLSHIIIIAAAAKKKPPFFDDMKAELQQPEMRWFWP*

我想要这样的序列：

>snapgen1
SFLPSAEAIEKVLSHMSRRIIDDMKAELQQPEMRWFWP
>snapgene2
SFLPSAEAIEKVLSHIIIIAAAAKKKPPFFDDMKAELQQPEMRWFWP

任何人都可以帮助我。三江源

Answer 1

如果文本存储在文件“temp.txt”中，则可以使用命令：

sed -i "s/*$//" temp.txt

Answer 2

在awk中，如果你在file中保留你的法术语：

$ awk '{sub(/\*$/,"")}1' file
>snapgene1
SFLPSAEAIEKVLSHMSRRIIDDMKAELQQPEMRWFWP
>snapgene2
SFLPSAEAIEKVLSHIIIIAAAAKKKPPFFDDMKAELQQPEMRWFWP

它取代尾随*一无所获。