关于ggplot R中不同组的着色点

Question

我正在使用ggplot绘制两个向量，并希望为其超级人口标签（总共6个superpops，并使用我的个人调色板mypal）着色所产生的离散点。我有一个名为newPC2的数据框，它有三列：PC1（x向量），PC2（向量）和Superpop（人口标签，“EUR”，“AMR”）。当我尝试执行以下操作时：

mypalette=c("blue","violetred1","green1","darkorchid1","yellow1","black")

ggplot(newPC2, aes(PC1, PC2, fill=Superpopulations2)) + 
  geom_point(size = 2.5) +
  scale_color_manual(values = mypalette) +
  theme(legend.position="bottom")

所有图形点均以黑色显示。我希望用6种颜色中的一种颜色代表其超级种群的点，看看它们是如何分布的（它们是PCA结果）。

有什么想法？谢谢！

Answer 1

ggplot中的默认点几何是16（一个点），因此没有填充美学，只有一种颜色。这意味着您必须将SuperPopulations2变量映射到颜色上，最终使用如下所示的代码：

ggplot(newPC2, aes(PC1, PC2, color=Superpopulations2)) + 
  geom_point(size = 2.5) +
  scale_color_manual(values = mypalette) +
  theme(legend.position="bottom")

这个site有一些关于使用形状的非常有用的信息。