Question

每次使用R中的生存包运行Cox模型时，我都会收到以下错误。此错误在过去几天内出现。为了说明错误，我使用的是https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/survival/html/coxph.html：

中给出的标准示例命令

# Fit a stratified model, clustered on patients 
library(survival)
bladder1 <- bladder[bladder$enum < 5, ] 
coxph(Surv(stop, event) ~ (rx + size + number) * strata(enum) + 
      cluster(id), bladder1)

我得到的错误如下：

Error in fitter(X, Y, strats, offset, init, control, weights = weights,  : 
  object 'Ccoxmart' not found

我正在使用最新版本的R [3.4.0（2017-04-21） - ＆＃34; You Stupid Darkness＆＃34;]。

我曾尝试参考R的生存包手册并在互联网上进行研究。我很感激您推荐的任何资源或解决方案。

Answer 1

我可以确认这个错误。它肯定与R 3.3.3（另一个独木舟）的更新有关 - ＆gt; R 3.4.0（你愚蠢的黑暗）。我的系统中的所有单元测试都在星期五正常工作，周一打破了。

此外，我也遇到过＆＃34; Ccoxph_wtest＆＃34;没找到。必须是类似的问题。

我今天晚些时候开始调试，让你知道我发现了什么，但是现在如果你必须重新开始运行，我建议你回到R v3.3.3（另一个独木舟）。我使用v3.3.3重新运行了所有单元测试，一切都很好。

以下是sessionInfo()：

R version 3.3.3 (2017-03-06)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 16.04.2 LTS

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  base  


R version 3.4.0 (2017-04-21)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 16.04.2 LTS

Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/atlas-base/atlas/libblas.so.3.0
LAPACK: /usr/lib/atlas-base/atlas/liblapack.so.3.0

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.4.0

我的解决方案是重新安装生存包。只需将其安装在原件的正上方即可。 install.packages("survival")。

Answer 2

您必须在R 3.4.0中重新安装使用C或Fortran的软件包：

update.packages(checkBuild=TRUE)

请参阅此post

为.C或.Fortran注册本机例程的包需要要为此版本重新安装（除非安装 R-devel SVN修订版r72375或更高版本）

R coxph（）错误：对象＆＃39; Ccoxmart＆＃39;找不到

2 个答案: