R：如何将graphNEL对象转换为Adjacency Matrix

Question

这是我的graphNEL对象

>mergedPathways_d
A graphNEL graph with undirected edges
Number of Nodes = 41 
Number of Edges = 102

我试过了coerce。它没有成功。 它要求预先定义矩阵，To和From没有正常工作，我在我的adj矩阵中输入了NA

我尝试使用edgeL。它没有成功。 我得到的边缘列表有数字作为边缘而不是基因的名称。我不知道如何将基因映射到这些数字上。

我尝试使用igraph.from.graphNEL将其转换为igraph，然后使用as_adjacency_matrix。它没有成功。 我有一个dgCMatrix，而不是一个可访问的行和列的普通矩阵，我也无法将其转换为数据框。

现在是一个邻接矩阵（41 x 41），其中行和列是来自graphNEL对象的41个基因名称。或者包含2列和102行的边列表。一行上的每条边。

任何帮助都将受到高度赞赏。它一整天都试图从KEGG中提取数据，现在试图操作到所需的形式以供进一步应用。

谢谢！

Answer 1

你试过了吗？

as(mergedPathways_d, "matrix")