在bash循环中运行R函数

Question

我有一个名为ggplot_cnv.R的脚本，其中包含serval函数。

其中一个函数将文件作为输入并输出ggplot2图：

plot.notch <- function(cnv_file, from=NA, to=NA) {
...
}

我希望能够在多个文件上运行它。我知道您可以使用Rscript将文件作为arg传递，然后将其发送到ggplot_cnv.R中的函数，但有没有办法在我的主脚本中使用args（{{ 1}}）？

例如，如何在bash for循环中调用脚本ggplot_cnv.R中的plot.notch函数，例如（这不起作用）：

ggplot_cnv.R

Answer 1

我想也许您可以使用R CMD BATCH来完成这项工作。

Usage:

     R CMD BATCH [options] infile [outfile]

Answer 2

littler程序将提供您正在寻找的功能。在http://dirk.eddelbuettel.com/code/littler.examples.html

提供了几个示例