Question

我正在尝试以并行格式运行以下代码（用于EWAS目的）：

registerDoParallel(2)

combined <- foreach(i = 28:78, .combine=rbind)  %dopar%                 
{
mm<-rep(NA,412) 

FIDunique<-unique(pheno$FID)
for(j in FIDunique)
{
  nn<-which(pheno1$FID==j)
  mm[nn]<-mean(pheno1[nn,i])
}
tt4<-which(!is.na(mm))

if(length(tt4)>19 & length(table(pheno1[,i]))>1)
{
  meth<-pheno1[tt4,i]
  mm<-mm[tt4]

  if(length(levels(factor(pheno1$smoking)))<2) 
  {
    lme2<-tryCatch(lme(I(meth-mm)~delta_residSpine+I(DNA_year-AGE_year)+CD8T+CD4T+NK+Bcell+Mono+Gran,random=~1|FID, control=lmeControl(msMaxIter=50000,opt="optim"), data=pheno1[tt4,]),error = function(e) rep (NaN,1)) 
  }
  else 
  {
    lme2<-tryCatch(lme(I(meth-mm)~delta_residSpine+I(DNA_year-AGE_year)+factor(smoking)+CD8T+CD4T+NK+Bcell+Mono+Gran,random=~1|FID, control=lmeControl(msMaxIter=50000,opt="optim"), data=pheno1[tt4,]),error = function(e) rep (NaN,1))
  }

  if(!is.na(lme2)) out18[i-27,2:5]<-summary(lme2)$tTable[2,-3]

  rm(mm,nn,meth,lme2)
}

out18[i-27,6]<-length(tt4)
out18[i-27,]
}

我遇到的问题是，当我在第二行使用％do％时，程序执行完美，'combined'包含the correct output.

但是，当我使用％dopar％时（如上面的代码所示），the middle four columns of combined dissapear.我想这是因为基于tryCatch分配了这四列？我已经坚持了几天，真的需要取得进展。

当我以％do％运行程序时，我也得到了警告

警告if（！is.na（lme2））out18 [i - 27,2：5]＆lt; - summary（lme2）$ tTable [2，：条件的长度> 1，只使用第一个元素

对于每次迭代，但是当在％dopar％下运行时，我根本得不到这个。

道歉，如果我没有提供足够的变量信息，我试图尽可能少地披露因道德原因而处理的实际信息。

Answer 1

我认为你是对的，tryCatch隐藏了一个意想不到的错误。例如，既然您正在使用lme函数，那么您是否应该在工作中加载nlme包？如：

r <- foreach(i = 28:78, .packages='nlme', .combine=rbind)  %dopar% {
  #snip
}

可能还有其他问题，例如必须显式导出的对象，因此我建议您更改代码以避免意外错误，尤其是在测试/调试时。一种简单的方法是记录错误，然后返回适当的值：

tryCatch(foo(), error = function(e) {
  print(e)
  NaN
})

要查看这些日志消息，您可以使用makeCluster outfile=""选项，以便消息显示在终端中。有关详细信息，请参阅this answer。

我还建议您将测试更改为：

if (!identical(lme2, NaN)) ...

这会避免在lme2不是NaN时发出警告，因为identical永远不会返回长度为＆gt;的值1。

doParallel似乎因未知原因破坏了输出

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