提前感谢您的帮助......
我想从过滤后的多态网站创建二进制矩阵。我有快速格式的WGS程序集，每个分离序列的一个文件（总共131个fasta文件）。
例如，fasta文件包含 x 个元素，每个元素的长度不同。使用seqinr软件包读入文件，如下所示，节点数对应于每个文件中元素的数量;
fasta1 $ Node_1_length_179262_cov_53.4208_ID_3720：Class'SeqFastadna'a a t c ...
fasta1 $ Node_2_length_151612_cov_41.7317_ID_3726：Class'SeqFastadna't t t t ...
我还有一个excel文档，其中包含filtered_polymorphic_sites（在wgMLST分析中找到的多态基因座，其中所有基因座都经过重组过滤）（由Gubbins执行）。 例如分离1：CGTGAGCCGCGG-AGCCAATAGGGTCAGTGCGGTCGCTGCGGGGTGAACGGCGCAAGCTTTGTCACGCCGGATGGAAGTATGGCCCAGAATTGTTTTTTTATGCGGGGGGGGCTGGCACGAGAAACGATGC
分离2：CGTGAGCCGCGG-AGCCAATAGGGTCAGTGCGGTCGCTGCGGGGTGAACGGCGCAAGCTTTGTCACACCGGATGGAAGTATGGCCCAGAATTGTTTTTTTATTCGGGCGGGGCTGGCACAAGAAGCGATGC
我更愿意在R中这样做，所以如果你可以建议一个R-package，那将是惊人的，但欢迎所有的建议。
非常感谢!!