Question

我正在使用deconstructSigs包，当我尝试将突变列表转换为正确的输入格式时，我收到此错误：

.local（x，...）出错：＆＃39;开始＆＃39;，＆＃39;结束＆＃39;和＃＆＃39;宽度＆＃39; 只能在姓名＆＃39;时指定要么失踪了，字符向量/因子，字符-Rle或因子-Rle

这是我的代码：

library(deconstructSigs)
sigs.input <- mut.to.sigs.input(mut.ref = data, 
                                sample.id = "Gene_Symbol", 
                                chr = "Chromosome", 
                                pos = "Position", 
                                ref = "Reference_Base", 
                                alt = "Alternate_Base")

有谁知道如何处理它？提前致谢。

Answer 1

不确定这是否符合您的问题，但在以“tibble”格式读取数据框时遇到了同样的问题。对我来说，以下解决了这个问题：

library(deconstructSigs)
sigs.input <- mut.to.sigs.input(mut.ref = data %>% as.data.frame(), 
                                sample.id = "Gene_Symbol", 
                                chr = "Chromosome", 
                                pos = "Position", 
                                ref = "Reference_Base", 
                                alt = "Alternate_Base")

deconstructSigs错误

1 个答案: