Open CV(Python) - 脑肿瘤的异常形状斑点检测

时间:2017-04-16 17:32:51

标签: python opencv image-processing mesh

我正在尝试在Open CV中识别具有斑点检测的脑肿瘤,但到目前为止,Open CV仅检测脑MRI中的微小圆圈,但从未检测到肿瘤本身。

以下是代码:

import cv2
from cv2 import SimpleBlobDetector_create, SimpleBlobDetector_Params
import numpy as np

# Read image
def blobber(filename):
    im = cv2.imread(filename, cv2.IMREAD_GRAYSCALE)

    # Set up the detector with default parameters.
    detector = cv2.SimpleBlobDetector_create()

    params = cv2.SimpleBlobDetector_Params()

    # Filter by Area.
    params.filterByArea = True
    params.minArea = 50

    # Filter by Circularity
    params.filterByCircularity = True
    params.minCircularity = 0

    # Filter by Convexity
    params.filterByConvexity = True
    params.minConvexity = 0.1

    # Create a detector with the parameters
    ver = (cv2.__version__).split('.')
    if int(ver[0]) < 3 :
        detector = cv2.SimpleBlobDetector(params)
    else : 
        detector = cv2.SimpleBlobDetector_create(params)

    # Detect blobs.
    keypoints = detector.detect(im)

    # Draw detected blobs as red circles.
    # cv2.DRAW_MATCHES_FLAGS_DRAW_RICH_KEYPOINTS ensures the size of the circle corresponds to the size of blob
    im_with_keypoints = cv2.drawKeypoints(im,keypoints,np.array([]),(0,0,255),cv2.DRAW_MATCHES_FLAGS_DRAW_RICH_KEYPOINTS)

    # Show keypoints
    cv2.imshow("Keypoints", im_with_keypoints)
    cv2.waitKey(0)

当我向程序提供一个黑白对比大脑的图像时,会发生什么(我将大脑与大脑进行对比,使肿瘤显示为黑色,大脑其余部分大部分为白色):

无论如何,肿瘤并不是一个完美的圆圈,但它显然是大脑中最大的“斑点”。打开CV不能拿起它,我怀疑是因为它有一个黑色外壳和一个白色核心。

只有当我选择更明显的肿瘤,没有大的白色内核时,它才会捡起肿瘤。

有什么建议吗?我需要能够从原始图片中剥离这些斑点(一旦它们准确地工作)并使用它们的关键点从每个切片中的2D肿瘤重建大脑中的整个3D肿瘤。我离这一步有点远,但这个blob探测器问题是2D和3D之间的关键环节。感谢所有帮助!

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