Question

使用以下代码我想＆gt;打开文件＆gt;读取内容并剥离非必需行＆gt;然后将数据写入文件，并读取文件以进行下游分析。

with open("chr2_head25.gtf", 'r') as f,\
    open('test_output.txt', 'w+') as f2:
    for lines in f:
        if not lines.startswith('#'):
            f2.write(lines)
    f2.close()

现在，我想阅读f2数据并在pandas或其他模块中进行进一步处理，但我在阅读数据时遇到了问题（f2）。

data = f2 # doesn't work
print(data) #gives
<_io.TextIOWrapper name='test_output.txt' mode='w+' encoding='UTF-8'>

data = io.StringIO(f2)  # doesn't work
# Error message
Traceback (most recent call last):
  File "/home/everestial007/PycharmProjects/stitcher/pHASE-Stitcher-Markov/markov_final_test/phase_to_vcf.py", line 64, in <module>
data = io.StringIO(f2)
TypeError: initial_value must be str or None, not _io.TextIOWrapper

Answer 1

该文件已关闭（当前一个.vimrc块完成时），因此您无法对该文件执行任何操作。要重新打开该文件，请创建另一个with语句并使用with属性来读取该文件。

read

如何读取/打印（_io.TextIOWrapper）数据？

1 个答案: