Question

我正在研究TBSS FSL进行ANOVA，每组3组和约20个科目。为了分析我的样本，我必须执行一个随机命令，它基本上在我的样本中进行排列。

命令如下：

randomise -i all_FA_skeletonised -o tbss -m mean_FA_skeleton_mask -d design.mat -t design.con -f design.fts –e design.grp --T2

其中design.mat矩阵是属于不同组内主题的矩阵，design.con是对比矩阵，用于计算组之间的比较，而.fts和.grp是制作ANOVA由fsl内的GLM接口给出。

我的问题是fsl实际上没有排列......

Data loaded
1 permutations required for exhaustive test of f-test 1
Doing all 1 unique permutations
Starting permutation 1 (Unpermuted data)
Critical Value for: tbss_tfce_corrp_fstat1 is: 6.3312e+06

我只是告诉你在没有ANOVA的情况下进行t检验时我的期望，命令如下：

randomise -i all_FA_skeletonised -o tbss -m mean_FA_skeleton_mask -d design.mat -t design.con -n 500 --T2

终端答案是：

Data loaded
1.10355e+34 permutations required for exhaustive test of t-test 1
Doing 500 random permutations
Starting permutation 1 (Unpermuted data)
Starting permutation 2
Starting permutation 3
...
Starting permutation 500
Critical Value for: tbss_tfce_corrp_tstat1 is: 341255

如果程序自己计算所需的排列数并找到1.虽然，我试图通过为ANOVA添加-n 500命令来强制排列的数量，但没有成功。

我对fsl（tbss）不够自信，所以我不明白程序的作用以及它为什么不进行排列。有谁有想法吗？谢谢你的帮助。

Answer 1

我不确定你是否需要design.grp。据我所知，-e design.grp选项仅用于内部/混合组设计（如配对T检验或重复ANOVA）。请在此处查看有关可兑换性阻止的信息：https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/PALM/ExchangeabilityBlocks

FSL（tbss）randomise命令不进行任何排列

1 个答案: