catchATOM 709 CA THR 25 -29.789 33.001 72.164 1.00 0.00
ATOM 711 CB THR 25 -29.013 31.703 72.370 1.00 0.00
ATOM 734 CG THR 25 -29.838 30.458 72.573 1.00 0.00
ATOM 768 CE THR 25 -28.541 28.330 71.361 1.00 0.00
ATOM 765 N ALA 25 -30.838 33.150 73.195 1.00 0.00
ATOM 764 N LEU 26 -29.457 33.193 69.767 1.00 0.00
ATOM 783 N VAL 27 -30.286 31.938 66.438 1.00 0.00
ATOM 798 N GLY 28 -28.076 30.044 64.519 1.00 0.00
等等。
709 CA 765 N 1.477 -29.789 33.001 72.164 -30.838 33.150 73.195
709 CA 764 N 2.427 -29.789 33.001 72.164 -29.457 33.193 69.767
709 CA 783 N 5.844 -29.789 33.001 72.164 -30.286 31.938 66.438
和pdb1.pdb的内容是读取第2,3,6,7和8列中的值，然后使用第6,7,8列进行距离计算。
我试过这个，但输出没有打印出来。
pdb2.pdb答案 0 :(得分：1)
将这两个文件读入内存可能最简单，除非它们非常庞大
此解决方案调用子例程read_file来构建每个文件中所有五个感兴趣字段的哈希数组。然后计算增量并重新格式化输出数据
use strict;
use warnings 'all';
my $f1 = read_file('file1.txt');
my $f2 = read_file('file2.txt');
for my $r1 ( @$f1 ) {
for my $r2 ( @$f2 ) {
my ($dx, $dy, $dz) = map { $r1->{$_} - $r2->{$_} } qw/ x y z /;
my $delta = sqrt( $dx * $dx + $dy * $dy + $dz * $dz );
my @rec = (
@{$r1}{qw/ id name /},
@{$r2}{qw/ id name /},
sprintf('%5.3f', $delta),
@{$r1}{qw/ x y z /},
@{$r2}{qw/ x y z /},
);
print "@rec\n";
}
}
sub read_file {
my ($file_name) = @_;
open my $fh, '<', $file_name or die qq{Unable to open "$file_name" for input: $!};
my @records;
while ( <$fh> ) {
next unless /\S/;
my %record;
@record{qw/ id name x y z /} = (split)[1,2,5,6,7];
push @records, \%record;
}
\@records;
}
709 CA 765 N 1.478 -29.789 33.001 72.164 -30.838 33.150 73.195
709 CA 764 N 2.427 -29.789 33.001 72.164 -29.457 33.193 69.767
709 CA 783 N 5.845 -29.789 33.001 72.164 -30.286 31.938 66.438
709 CA 798 N 8.374 -29.789 33.001 72.164 -28.076 30.044 64.519
711 CB 765 N 2.471 -29.013 31.703 72.370 -30.838 33.150 73.195
711 CB 764 N 3.032 -29.013 31.703 72.370 -29.457 33.193 69.767
711 CB 783 N 6.072 -29.013 31.703 72.370 -30.286 31.938 66.438
711 CB 798 N 8.079 -29.013 31.703 72.370 -28.076 30.044 64.519
734 CG 765 N 2.938 -29.838 30.458 72.573 -30.838 33.150 73.195
734 CG 764 N 3.937 -29.838 30.458 72.573 -29.457 33.193 69.767
734 CG 783 N 6.327 -29.838 30.458 72.573 -30.286 31.938 66.438
734 CG 798 N 8.255 -29.838 30.458 72.573 -28.076 30.044 64.519
768 CE 765 N 5.646 -28.541 28.330 71.361 -30.838 33.150 73.195
768 CE 764 N 5.199 -28.541 28.330 71.361 -29.457 33.193 69.767
768 CE 783 N 6.348 -28.541 28.330 71.361 -30.286 31.938 66.438
768 CE 798 N 7.069 -28.541 28.330 71.361 -28.076 30.044 64.519
答案 1 :(得分：0)
您的代码有很多语法错误。我对您的代码进行了一些更改，这将使您开始使用您想要的内容。
首先，use strict和use warnings通过这种方式你已经消除了很多噪音。
use strict;
use warnings;
open(my $f1, "pdb1.pdb") or die $!;
open(my $f2, "pdb2.pdb") or die $!;
while(defined(my $line1 = <$f1>) and defined(my $line2 = <$f2>))
{
# print "Iam here";
my @splitted = split(' ',$line1);
my @fields = split / /, $line1;
#print $fields[1], "\n";
my $atom1 = @{[$line1 =~ m/\S+/g]}[2];
my $no1 = @{[$line1 =~ m/\w+/g]}[3];
my $x1 = @{[$line1 =~ m/\w+/g]}[6];
my $y1 = @{[$line1 =~ m/\w+/g]}[7];
my $z1 = @{[$line1 =~ m/\w+/g]}[8];
my $atom2 = @{[$line2 =~ m/\w+/g]}[2];
my $no2 = @{[$line2 =~ m/\w+/g]}[3];
my $x2 = @{[$line2 =~ m/\w+/g]}[6];
my $y2 = @{[$line2 =~ m/\w+/g]}[7];
my $z2 = @{[$line2 =~ m/\w+/g]}[8];
#print $atom1;
for ($f1, $f2) {
print "$atom1 $no1 $x1 $y1 $z1 $atom2 $no2 $x2 $y2 $z2 \n";
}
}
close ($f1);
close ($f2);
现在回答您的问题，您的预期输出似乎与您在逻辑中所做的不同。您同时循环两个文件，这将执行一次迭代，而不是file1中的每一行，file2中的所有行。所以我认为你可能需要看一下循环部分。
接下来你需要知道的是关于列拆分。
@splitted = split(' ',$line1);
如果以上述方式拆分一行，则会得到数组中的所有列。现在你的column1是第零索引，第一个索引是第2列，依此类推。
所以你应该做第一栏
my $col1 = @splitted[0];
如果您正在使用这些正则表达式来获取列，那么就不需要它了，因为您已经拆分了这些列，并且每个列都独立于数组中。
<强>更新
您遇到的问题是您使用文件句柄进行迭代导致问题。
use strict;
use warnings;
open(my $f1, "<pdb1.pdb") or die "$!" ;
open(my $f2, "<pdb2.pdb") or die "$!" ;
my @in1 = <$f1>;
my @in2 = <$f2>;
foreach my $file1 (@in1) { #use array to iterate
chomp($file1);
#print "File1 $file1\n";
my $atomno1=(split " ", $file1)[1];
my $atomname1=(split " ", $file1)[2];
my $xx=(split " ", $file1)[5];
my $yy=(split " ", $file1)[6];
foreach my $file2(@in2) {
chomp($file2);
#print "File2 $file2\n";
my $atomno2=(split " ", $file2)[1];
my $atomname2=(split " ", $file2)[2];
my $x=(split " ", $file2)[5];
my $y=(split " ", $file2)[6];
my $dis=sqrt((($x-$xx)*($x-$xx))+ (($y-$yy)*($y-$yy)));
print "$atomno1 $atomname1 $atomno2 $atomname2 $dis $xx $yy $x $y\n" ;
}
#$file1++;
}
close ($f1);