Question

我从bash脚本调用perl程序。当我从命令行标记其参数时，这个Perl脚本工作，但是当我从bash脚本调用它时，它会给出错误。

以下是bash脚本的相关部分：

for ((i=1; i<=$z; i++))
do 
    if (($i%2 == 0)); then
         ~/Desktop/SNP_finder.pl `awk 'FNR == '$i <"${d}".fasta` `awk ...` "${d}".txt
    else
...

和Perl脚本：

local $, = "\t";
my @read = split('', $ARGV[0]);
my @reference = split('', $ARGV[1]);
my $filename = $ARGV[2];
...
open(my $fh, '>>', $filename) or die;
print $fh "Reference ", "SNP ", "Location\n";
...

我可以在终端窗口中运行SNP_finder.pl，但是当我将其传输到此Bash脚本时，它会向我显示错误Use of unitialized value $filename并声明$filename的值为{{1} }。

Answer 1

shell正在执行分词。如果您的awk脚本返回为空，则"${d}".txt参数将最终为$ARGV[1]或$ARGV[0]。如果您的awk脚本返回一个包含空格的字符串，它将会进一步向下...

为了避免这种情况，你应该引用它们，如下所示：

"`awk ...`"

更好的是：

"$(awk ...)"

Perl无法识别输入文件未初始化的$ filename

1 个答案: