Question

我将非常感谢你的帮助。我从我的代码的这一部分得到了一个错误信息，我想用它来阐明克罗恩病和溃疡性结肠炎的差异表达基因，来自affymetrix微阵列分析（原始数据链接是{ {3}}）。但是当我运行这段代码时：

import gzip
import numpy as np

"""
Read in a SOFT format data file.  The following values can be exported:

GID : A list of gene identifiers of length d
SID : A list of sample identifiers of length n
STP : A list of sample descriptions of length d
X   : A dxn array of gene expression values
"""

fname = "../Anchang Charles/GDS1615_full.soft.gz"
with gzip.open(fname) as fid:
    SIF = {}
    for line in fid:
        if line.startswith(line, len("!dataset_table_begin")):
            break
        elif line.startswith(line, len("!subject_description")):
            subset_description = line.split("=")[1].strip()
        elif line.startswith(line, len("!subset_sample_id")):
            subset_ids = [x.strip() for x in subset_ids]
            for k in subset_ids:
                SIF[k] = subset_description
                  #.next().split("\t")
    SID = fid.next().split("\t")
    I = [i for i,x in enumerate(SID) if x.startswith("GSM")]
    SID = [SID[i] for i in I]
    STP = [SIF[k] for k in SID]

我收到一条错误消息，上面写着

追踪（最近一次呼叫最后一次）：

文件＆＃34;＆＃34;，第1行，in runfile（＆＃39; C：/ Users / Anchang Charles / new affymetrix.py＆＃39;，wdir =＆＃39; C：/ Users / Anchang Charles＆＃39;）

文件＆＃34; C：\ Anaconda \ lib \ site-packages \ spyder \ utils \ site \ sitecustomize.py＆＃34;，第866行，在runfile中 execfile（filename，namespace）

文件＆＃34; C：\ Anaconda \ lib \ site-packages \ spyder \ utils \ site \ sitecustomize.py＆＃34;，第102行，在execfile中 exec（compile（f.read（），filename，＆＃39; exec＆＃39;），命名空间）

文件＆＃34; C：/ Users / Anchang Charles / new affymetrix.py＆＃34;，第1行，in 来自affymetrix导入X，GID，STP，SID，UC，CD

文件＆＃34; C：\ Users \ Anchang Charles \ affymetrix.py＆＃34;，第26行，in SID = fid.next（）。split（＆＃34; \ t＆＃34;）

AttributeError：＆＃39; GzipFile＆＃39;对象没有属性＆＃39; next＆＃39;

Answer 1

在Python 3中，iterator.next()已替换为iterator.__next__()，但您应该使用内置的next函数调用它，如下所示：

next(iterator)

所以试试：

next(fid).split("\t")

在PEP 3114

中详细了解相关信息

改变背后的推理的关键：

使用双下划线为名称创建单独的命名空间   这是Python语言定义的一部分，所以程序员   可以自由创建以...开头的变量，属性和方法   字母，不用担心与有名字的名字无声地相撞   语言定义的目的。（与保留关键字冲突仍然是一个   关注，但至少会立即产生语法错误。）

迭代器上的下一个方法的命名是一个例外   惯例。代码无处包含对下一个的显式调用   但是，这种方法的存在可以使这种方法无声地受到影响   方法。因此，这个PEP建议迭代器应该有一个   __next__方法而不是next方法（语义没有变化）。

AttributeError：＆＃39; GzipFile＆＃39;对象没有属性＆＃39; next＆＃39;

1 个答案: