ggplot中多种因素的颜色和刻面

Question

我有一个data.frame我试图以facetted方式使用R ggplot＆＃39; s { {1}}：

geom_boxplot

在这个例子中，有两个因素我想set.seed(1) vals <- rnorm(12) min.vals <- vals-0.5 low.vals <- vals-0.25 max.vals <- vals+0.5 high.vals <- vals+0.25 df <- data.frame(sample=c("c0.A_1","c0.A_2","c1.A_1","c1.A_2","c2.A_1","c2.A_2","c0.B_1","c0.B_2","c1.B_1","c1.B_2","c2.B_1","c2.B_2"), replicate=rep(c(1,2),6),val=vals,min.val=min.vals,low.val=low.vals,max.val=max.vals,high.val=high.vals, group=c(rep("A",6),rep("B",6)),cycle=rep(c("c0","c0","c1","c1","c2","c2"),2), stringsAsFactors = F) ：

facet

但在其他情况下，我可能只有一个或两个以上的因素。

有没有办法传递给facet.factors <- c("group","cycle") for(f in 1:length(facet.factors)) df[,facet.factors[f]] <- factor(df[,facet.factors[f]],levels=unique(df[,facet.factors[f]])) levels.vec <- sapply(facet.factors,function(f) length(levels(df[,f]))) 要素的向量和列数？

这是我尝试的内容，此外我还为每个因素级别创建了自己的颜色：

facet_wrap

显然会抛出此错误：

library(RColorBrewer,quietly=T)
library(scales,quietly=T)
level.colors <- brewer.pal(sum(levels.vec),"Set2")

require(ggplot2)
ggplot(df,aes_string(x="replicate",ymin="min.val",lower="low.val",middle="val",upper="high.val",ymax="max.val",col=facet.factors,fill=facet.factors))+
  geom_boxplot(position=position_dodge(width=0),alpha=0.5,stat="identity")+
  facet_wrap(~facet.factors,ncol=max(levels.vec))+
  labs(x="Replicate",y="Val")+
  scale_x_continuous(breaks=unique(df$replicate))+
  scale_color_manual(values=level.colors,labels=unname(unlist(sapply(facet.factors,function(f) levels(df[,f])))),name="factor level")+scale_fill_manual(values=level.colors,labels=unname(unlist(sapply(facet.factors,function(f) levels(df[,f])))),name="factor level")+
  theme_bw()+theme(legend.position="none",panel.border=element_blank(),strip.background=element_blank(),axis.title=element_text(size=8))

显然这有效：

Error in combine_vars(data, params$plot_env, vars, drop = params$drop) : 
  At least one layer must contain all variables used for facetting

但是它忽略了我传递的颜色并且没有添加图例，我想是因为我无法将ggplot(df,aes_string(x="replicate",ymin="min.val",lower="low.val",middle="val",upper="high.val",ymax="max.val",col=facet.factors,fill=facet.factors))+ geom_boxplot(position=position_dodge(width=0),alpha=0.5,stat="identity")+ facet_wrap(group~cycle,ncol=max(levels.vec))+ labs(x="Replicate",y="Val")+ scale_x_continuous(breaks=unique(df$replicate))+ scale_color_manual(values=level.colors,labels=unname(unlist(sapply(facet.factors,function(f) levels(df[,f])))),name="factor level")+scale_fill_manual(values=level.colors,labels=unname(unlist(sapply(facet.factors,function(f) levels(df[,f])))),name="factor level")+ theme_bw()+theme(legend.position="none",panel.border=element_blank(),strip.background=element_blank(),axis.title=element_text(size=8)) 传递给vector和col { {1}}，显然我必须对分面进行硬编码。

这对于分面问题不起作用：

fill

所以我的问题是： 1.有没有办法将矢量传递给facet_wrap？ 2.有没有办法用因子矢量而不是单个因子来着色和填充？

Answer 1

我们不能指定两种颜色用于着色/填充到一个盒子，我建议将刻面变量粘贴在一起作为着色/填充比例：

df$col.fill <- Reduce(paste, df[facet.factors])

facets的{​​p> facet_wrap接受字符向量或单边公式：

facet.formula <- as.formula(paste('~', paste(facet.factors,  collapse = '+')))

所以代码最终看起来像这样：

ggplot(df,
       aes_string(
           x = "replicate", ymin = "min.val", ymax = "max.val",
           lower = "low.val", middle = "val", upper = "high.val",
           col = "col.fill", fill = "col.fill"
       )) +
    geom_boxplot(position = position_dodge(width = 0),
                 alpha = 0.5,
                 stat = "identity") +
    facet_wrap(facet.factors, ncol = max(levels.vec)) +
    # alternatively: facet_wrap(facet.formula, ncol = max(levels.vec)) +
    labs(x = "Replicate", y = "Val") +
    scale_x_continuous(breaks = unique(df$replicate)) +
    theme_bw() +
    theme(
        #legend.position = "none",
        panel.border = element_blank(),
        strip.background = element_blank(),
        axis.title = element_text(size = 8)
    )

由于您添加了legend.position = "none",，因此未显示图例。

顺便说一句，如果在代码中添加一些空格和换行符，肯定会提高可读性。