Question

以下代码在R控制台（R 3.3.0）中正常工作：

m = system.file("external/pores_1.mtx", package = "Matrix")
x = Matrix::readMM(m)

我可以把它放在一个脚本中，它可以在R控制台中正常运行：

source("test.R")

但是，当我以Rscript --vanilla test.R或Rscript test.R执行时，我收到错误消息：

Error in validObject(.Object) : 
  invalid class “dgTMatrix” object: Not a valid 'Mnumeric' class object
Calls: <Anonymous> -> new -> initialize -> initialize -> validObject
Execution halted

我不知道这是否与该特定功能有关。我猜这与Rscript的工作原理有关，但我以前用过各种其他库和函数，从未见过这样的东西。知道发生了什么吗？

Answer 1

我可以确认...在运行包含对glmnet()的调用的脚本时，我收到了完全相同的错误。我能够将它追溯到glmnet所依赖的Matrix包。

我从v3.3.3反向修改我的R版本 - ＆gt; v3.3.2并且错误消失了。然后我检查了两者之间的sessionInfo()并发现Matrix包的版本不同......它是1.2-8（在v3.3.3中）和1.2-7.1（在v3.3.2中）。为了确认，我只是将“OK”版本的Matrix（7.1）替换为“损坏”版本并返回错误。

我还可以确认通过library(methods)显式加载方法包解决了错误（不知何故？），这解释了控制台调用和命令行中的Rscript调用之间的不同行为。

所以，看来我们有两种解决方法：

library(methods)
将您的Matrix版本恢复为1.2-7.1。

两者都不是非常令人满意......我只是想知道Matrix 1.2-8会发生什么。也许它会在下一个版本中修复错误。

如果您有兴趣，请点击此处sessionInfo()：

R version 3.3.3 (2017-03-06)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 16.04.2 LTS

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  base

other attached packages:
[1] glmnet_2.0-5  foreach_1.4.3 Matrix_1.2-8 

loaded via a namespace (and not attached):
[1] codetools_0.2-15 grid_3.3.3       iterators_1.0.8  methods_3.3.3   

[5] lattice_0.20-35

Answer 2

亲爱的，亲爱的。我很漂亮（不是100％！）确保此问题不适用于较新版本的R和Matrix。我仍然认为这是不一个正确意义上的Matrix错误，而不是一个＆＃39; Rscript＆＃39; vs＆＃39; R＆＃39; bug - 正如@Stu Field已提到的那样; Rscript默认情况下不会将methods包附加到search()路径，但是常规R会附加。

OTOH，R CMD check Matrix现在应该尝试在没有方法包在搜索路径中的情况下运行Matrix，因此问题不应该出现在Matrix 1.2-9及更新版本中，即默认情况下从R 3.4开始。 0和更新或然后更新＆＃39; Matrix＆＃39;如果您有旧版本的R，请打包。

再次：你能否确认问题已经消失了R 3.4.0（Matrix 1.2-9＆＃34;以及它＆＃34;）？

这是一个更有用的示例脚本，我调用了Rscript-tst.R。以

运行

Rscript --vanilla Rscript-tst.R > Rscript-tst.Rout 2>&1

或（像我自己安装了许多R版本）类似

`R-3.4.0 RHOME`/bin/Rscript --vanilla Rscript-tst.R > Rscript-tst.Rout_R340 2>&1

Rscript-tst.R：

options(echo = TRUE)# << even with "Rscript" or --slave ...
(m <- system.file("external/pores_1.mtx", package = "Matrix"))
packageDescription("Matrix")
## This *load*s the Matrix package but does not attach it to search()
str(Matrix::readMM)
sessionInfo()
x <- Matrix::readMM(m)
## used to fail because 'methods' was not "there" (in Rscript only)

R作为脚本运行时在validObject（.Object）中出错，但在控制台

2 个答案: