Question

当我在R中运行一个长例程时，是否可以显示中间步骤？

例如，我正在使用一个例程来构建原始矩阵的随机版本，基于null模型（包 bipartite ）：

#Build N randomized version of the matrix contained in data    
nulls <- nullmodel(data, N=1000, method=3)

#Calculate the same network metric for all N randomized matrices
modules.nulls <- sapply(nulls, computeModules, method = "Beckett")

根据计算机的处理能力和N的大小，完成例程需要很长时间。我想包含一个代码，在控制台上显示例程的第一和第二部分的所有中间步骤。像“矩阵1，矩阵2 ...矩阵N”这样的东西。

你能帮帮我吗？谢谢！

Answer 1

1）cat 您可以向该函数添加cat，message或print语句。

2）跟踪或者如果您不想修改函数本身，那么trace就像这样：

# test function
fun <- function(x) length(x) 

trace(fun, quote(print(i <<- i + 1)))

i <- 0
out <- sapply(iris, fun)

，并提供：

Tracing FUN(X[[i]], ...) on entry 
[1] 1
Tracing FUN(X[[i]], ...) on entry 
[1] 2
Tracing FUN(X[[i]], ...) on entry 
[1] 3
Tracing FUN(X[[i]], ...) on entry 
[1] 4
Tracing FUN(X[[i]], ...) on entry 
[1] 5

要反转此使用untrace(fun)。

3）包装器另一种可能性是创建一个包装器。 flush.console是可选的，可以避免控制台缓冲，因此您可以立即看到输出。

wrap_fun <- function(x) { print(i <<- i + 1); flush.console(); fun(x) }

i <- 0
out <- sapply(iris, wrap_fun)

4）tkProgressBar 更有趣的方法是使用进度条。此示例代码使用tcltk软件包，该软件包包含在所有标准R发行版中的开箱即用（因此您无需下载和安装它 - 它已经存在并且library语句足以加载它。）

library(tcltk)

fun2 <- function(x) Sys.sleep(2) # test function
wrap_fun2 <- function(x) {
   i <<- i + 1
   setTkProgressBar(bar, i, label=i)
   fun2(x)
}

bar <- tkProgressBar("Progress", max = 5)
i <- 0
out <- sapply(iris, wrap_fun2)
close(bar)

另请参阅?txtProgressBar和?winProgressBar（仅限Windows）以及其他可用进度条的进度包。

如何在R中显示长例程的中间步骤？

1 个答案: