AssertionError:无法使用命令生成表面文件

时间:2017-04-06 08:53:26

标签: python biopython

我得到msms.exe已停止使用这个简单的脚本,请帮我调试一下。我用不同的pdb尝试了它,结果相同。您可能需要查看ResidueDepth.py

AssertionError:无法使用命令生成表面文件: msms -probe_radius 1.5 -if C:\ Users \ Ahmad \ AppData \ Local \ Temp \ tmp2pa74le2 -of C:\ Users \ Ahmad \ AppData \ Local \ Temp \ tmpf7zqwkg6> C:\ Users \用户艾哈迈德\应用程序数据\本地\ TEMP \ tmpncvn65g4

from Bio.PDB import PDBParser, ResidueDepth

p = PDBParser()
s = p.get_structure("X", '1crn.pdb')
model = s[0]

rd = ResidueDepth(model, '1crn.pdb')
print(rd[(chain_id, res_id)])

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

ResidueDepth代码依赖于pdb_to_xyzr,这是一个无法在Windows上运行的BASH脚本。针对此问题创建了一个问题here