Question

在一大堆物种数据中，我遗憾地记录了两个相似的物种，并将它们计算在一起（我计算的是Sp2而不是Sp2a和Sp2b）。我重新检查了所有样本，并测量了每个物种应该的联合计数的比例（例如，对于样本＆＃34;北和＃34;，Sp2计数40次，并且我确定该计数的20％应该是Sp2a和80 ％应为Sp2b。

有人知道如何在图表数据框中应用比例数据

samples <- c("north", "west", "south")
sp2a_props <- c(.2, .3, .4)
sp2b_props <- c(.8, .7, .6)
chart <- data.frame(samples, sp2a_props, sp2b_props, stringsAsFactors = FALSE)
chart

到原始数据框中的相关行

samples <- c("north","north", "west","west","south", "south")
species <- c("Sp1", "Sp2", "Sp1", "Sp4", "Sp2", "Sp3")
counts <- c(20, 40, 30, 50, 30, 30)
raw <- data.frame(samples, species, counts, stringsAsFactors = FALSE)
raw

获取所需的新数据框

samples <- c("north","north","north", "west","west","south", "south", "south")
species <- c("Sp1", "Sp2a", "Sp2b", "Sp1", "Sp4", "Sp2a", "Sp2b", "Sp3")
counts <- c(20, 8,32, 30, 50, 12, 18, 30)
desired_result <- data.frame(samples, species, counts)
desired_result

虽然虚拟数据只将Sp2分成2部分，但我也可能需要将某些集总分类分成3部分。

Answer 1

使用dplyr和tidyr，您只需要进行一些操作并加入即可获得所需内容。

首先，将图表从宽到长重塑，并删除＆＃39; _props＆＃39;从物种名称准备下游加入。

其次，操纵raw数据框以包含a / b拆分（使用dplyr::case_when来解决多个拆分）。将它们分成行，将它们与物种联合以获得sp2a/sp2b，将其与图表值连接以获得比例，如果存在则乘以比例计算并删除比例列。

library(dplyr)
library(tidyr)

chart <- chart  %>%
  gather(species, proportion, -samples) %>% 
  mutate(species = gsub("_props", "", species))

raw %>% 
  mutate(species = tolower(species)) %>% 
  mutate(split = ifelse(species == "sp2", "a,b", "")) %>% 
  separate_rows(split, sep = ",") %>% 
  unite(species, species, split, sep = "") %>% 
  left_join(chart) %>% 
  mutate(counts = ifelse(!is.na(proportion), counts * proportion, counts)) %>% 
  select(-proportion)

结果：

  samples species counts
1   north     sp1     20
2   north    sp2a      8
3   north    sp2b     32
4    west     sp1     30
5    west     sp4     50
6   south    sp2a     12
7   south    sp2b     18
8   south     sp3     30

（如果您希望物种回到标题案例，我会使用tools::toTitleCase）

如何使用比例数据框分割行数

1 个答案: