Question

我不确定为什么下面的代码不起作用 - 我收到错误

NameError: name 'group1' is not defined.

在我尝试使用getopt之前代码工作正常..我正在尝试解析命令行输入，以便例如，如果我把

python -q file1 file2 -r file3 file4

file1和file2成为我的第一个循环的输入为'group1'。

import sys
import csv
import vcf
import getopt
#set up the args
try:
    opts, args = getopt.getopt(sys.argv[1:], 'q:r:h', ['query', 'reference', 'help'])
except getopt.GetoptError as err:
    print str(err)
    sys.exit(2)

for opt, arg in opts:
    if opt in ('-h', '--help'):
        print "Usage python -q [query files] -r [reference files]"
        print "-h this help message"
    elif opt in ('-q', '--query'):
        group1 = arg
    elif opt in ('-r', '--reference'):
        group2 = arg
    else:
        print"check your args"

#extract core snps from query file, saving these to the set universal_snps
snps = []
outfile = sys.argv[1]
for variants in group1:

    vcf_reader = vcf.Reader(open(variants))

Answer 1

问题是group1 = arg永远不会运行，所以当它后来到for variants in group1:时，变量没有被定义。

这是因为您在定义选项时错误地调用了该函数。如果你有这条线：

 opts, args = getopt.getopt(sys.argv[1:], 'q:r:h', ['query', 'reference', 'help'])

要求在任何其他参数之前将带有标志的参数（即-q file1和-r file3指定为。因此，如果您将该函数调用为：

python <scriptName> -q file1 -r file3 file2 file4

你会有预期的行为。这是因为没有关联标志的所有参数都出现在调用结束时（并且可以通过args参数检索

getopt不太正常，我做错了什么？

1 个答案: