以./analysis-run.sh [query] [group]

Question

我需要在Bash脚本（analysis-run.sh）中使用循环来运行许多查询。由于我有很多疑问，我无法手动运行它们，所以我需要一种方法来自动化它们。到目前为止，我创建了一个包含所有查询的文件inputs.txt，并在bash脚本文件的末尾添加了以下内容：

while read f ; do
  ./analysis-run.sh $f 
done < imputs.txt

使用该循环，analyze-run只会反复运行inputs.txt的第一个查询。我真的很陌生，所以任何帮助都会受到赞赏。

imputs.txt的内容是：

骨

肌肉

血液

唾液

依旧......

analysis-run.sh的内容是：

执行此脚本

查询= $ 1

组= $ 16

如果[$ group =＆＃34; clean＆＃34; ]。然后

    cluster=A

否则

    cluster=B

网络连接

adamo-obtain_bundance.py - 查询$ query -ref combined_ $ cluster。$ group.align -splits 1 -group $ group

adamo-obtain_structure.py -i $ query.combined_ $ query $ group.csv -o $ query。$ group -cutoff 0.5 -group $ group

Answer 1

在Bash中使用循环有时可以工作，但它会带来危险。

使用xargs通常是最干净，最强大的方法......

<inputs.txt xargs --max-args=1 do_something

要执行的命令可以作为Bash函数提供......

function do_something
   {
   echo value=${1}
   }

虽然采用这种方法时对xargs的调用更为复杂。请参阅：Calling functions with xargs within a bash script

关于`xargs`

xargs获取一个参数列表（通常是文件名），它们作为输入文件或流提供，并将这些参数放在命令行中，用于另一个指定的命令或函数。如果该命令可以处理多个输入参数，则可以删除--max-args=1选项。

Answer 2

使用该循环，analysis-run只是一遍又一遍地运行inputs.txt的第一个查询。

问题（可能）是您需要引用$f：

while read -r f ; do
  ./analysis-run.sh "$f" 
done < samples.txt

如果没有引号，从samples.txt读取的行将受到分词和全局扩展的影响。

然后通过ShellCheck

运行您的脚本