Question

我在R：

中写了这部分代码

1）您的程序应该从数据库中下载GeoData 创建一个热图。

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("GEOquery")

library(Biobase)

library(GEOquery)

gds<-getGEO('GDS4057',destdir='.')

eset<-GDS2eSet(gds,do.log2=TRUE)

myData<-exprs(eset)
heatmap(myData[1:20,])

2）之后，如果我们的样本是ER +，它会识别表型特征（ERpos）或ER-（ERneg）并仅保留这些样本。在这一点上您必须使用所选样本创建热图。

genoData <- gds@dataTable@columns$`genotype/variation`

View(genoData)

reduced<-myData[, genoData%in%c("ER (IHC): +","ER (IHC): -")]

heatmap(reduced[1:20, ])

3）在这些样本中，将实现您的离散化算法

reduced[is.na(reduced)] <- 0

reduced2 <- reduced

for(i in 1:nrow(reduced)){

  myMean <- mean(reduced[i,])

  for(j in 1:ncol(reduced)){

    if (reduced[i,j] < myMean)

      reduced2[i,j] = 0

    else 

      reduced2[i,j] = 1

  }
}

4）为每个基因创建极性分数（详情如下）。

for(i in 1:nrow(reduced2)){

  for(j in 1:ncol(reduced2)){

    if(reduced2[i,j]==1 &&  something to search if this gene is plus(+) ->("ER (IHC): +"))

       print("hello")
  }
}

！POLARITY SCORE

r =（（a /（a + c）） - （b /（b + d）））/（（a /（a + c））+（b /（b + d）））

a =样本数ER +，值为1
b =样本数量ER-值为1
c =样本数ER +，其值为0
d =样本数量ER-，值为0

我的问题是，在上一次if我想检查我的reduced2单元格[i][j]是否为1以及此单元格中的表型是否为＆＃39; +＆＃ 39; ....

表型 - r工作室中的co

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