如何在R中调用包含逗号的函数？

Question

在R中使用S3或S4类时，通常将类设置为通用my_generic，然后对每个子类型my_generic.my_type使用点。最近，我一直在看这种模式，但使用逗号代替句点my_generic,my_type。问题是我无法使用帮助操作符?或在控制台中输入函数名称，因为逗号被视为错误。有解决方法吗？我尝试过使用反引号，但它不起作用。

这方面的一个示例是draw包中的ComplexHeatmap方法：

methods(draw)
[1] draw.colorkey             draw.details       draw,HeatmapAnnotation-method 
[4] draw,HeatmapList-method draw,Heatmap-method      draw.key                      
draw,SingleAnnotation-method

执行?draw.colorkey有效，但?draw,HeatmapAnnotation-method没有。

Answer 1

首先，直接调用方法是非常糟糕的做法，特别是使用S4。 ＆＃34;以逗号＆＃34;起作用。你正在看，实际上是S4方法。

帮助页面

要查找帮助页面（如果存在），您可以使用如下引号：

?"draw,Heatmap-method"

但成功并不能保证。这在很大程度上取决于程序包的作者是否具有单独的方法帮助文件，或者使用了正确的别名。在这种特殊情况下，您会在帮助页面?draw上看到该软件包的作者添加了一些指向特定方法的链接。

查找所有S4方法

要仅了解所有S4方法，请使用showMethods代替methods。

> library(ComplexHeatmap)
> showMethods("draw")
Function: draw (package ComplexHeatmap)
object="Heatmap"
object="HeatmapAnnotation"
object="HeatmapList"
object="SingleAnnotation"

查看方法的内部代码

要获取实际方法以便查看内部代码，请使用getMethod：

getMethod(draw, signature = "Heatmap")
Method Definition:

function (object, ...) 
{...
    }
    .local(object, ...)
}
<environment: namespace:ComplexHeatmap>

Signatures:
        object   
target  "Heatmap"
defined "Heatmap"

使用特定的S4方法（但不是真的）

您可以分配该呼叫的结果并将其用作功能：

mat = matrix(rnorm(80, 2), 8, 10)
mat = rbind(mat, matrix(rnorm(40, -2), 4, 10))
rownames(mat) = letters[1:12]
colnames(mat) = letters[1:10]

ht = Heatmap(mat)
myMethod <- getMethod(draw, signature = "Heatmap")

myMethod(ht)

但你不应该试图直接调用方法。最后一次调用的结果与

完全相同

draw(ht)

所以你最好使用泛型函数，让调度工作。