删除文件名的中间名

Question

我希望删除看起来如下的文件名中间：

Wm-no-Bis.GAGATTCC-ATAGAGGC.L001.R1.001.fastq.trim.R2.fastq
Pek-no-Bis.GAGATTCC-AGGCGAAG.L001.R1.001.fastq.trim.R1.fastq

获取

Wm-no-Bis.trim.R2.fastq
Pek-no-Bis.trim.R1.fastq

正如您所看到的，文件的开头和结尾略有变化。 我试图按如下方式使用重命名：

rename 's/.*.*.*.*.*.trim.//g'
Wm-no-Bis.GAGATTCC-ATAGAGGC.L001.R1.001.fastq.trim.R2copy.fastq

除了结尾之外，这将删除整个文件名。 问题显然是我对如何使用通配符缺乏了解。

Answer 1

试

rename 's/\.\w+-\w+\..{4}\.R.\.\d{3}\.fastq//g'

source

Answer 2

您可以使用此rename命令：

rename -n 's/^([^.]+).*(\.trim\..*)$/$1$2/' *.fastq

如果您对输出感到满意，请删除-n选项（干运行）