Question

我有以下bash脚本：

for file in *.gz; do 
    zgrep @ $file | awk '{split($0,a,":");  
    print $file"\t@RID\tT1:"a[1]"\tT2:"a[2]"\tT3:"a[3]}' > out.csv; 
done

我想创建一个输出csv / tbi文件，其文件名放在通过awk传输的zgrep输出的第一列中。

错误是：

＆＃34; awk：非法字段$（），名称＆＃34;文件＆＃34;输入记录编号1，文件
源代码行编号2＆＃34;

我期待得到这个：

列标题： （这些不需要在实际的输出文件中，我只是为了清楚起见，因为我无法找到如何与stackoverflow上的标签分开）：

filename | RID | T1 | T2 | T3

输出行：

FILENAME.gz @RID T1：text1 T2：text2 T3：text3

...这里有更多行...

如果我删除了打印命令中的$文件，它将起作用（不用说它省略了文件名）。我在awk调用和外部尝试了以下选项，但无济于事：

-v i=$file

任何建议或解决方法都将不胜感激。

Answer 1

for file in *.gz; do 
    zgrep @ "$file" |
    awk -F':' -v OFS='\t' -v file="$file" '{
        print file, "@RID", "T1:" $1, "T2:" $2, "T3:" $3
    }' 
done > out.csv

将bash循环变量通过管道传递给AWK

1 个答案: