Karyogram和SNP与ggplot2（geom_path，geom_bar，ggbio）

Question

我想用SNP标记绘制核型图 它适用于函数segments，但我想使用ggplot2包来显示优雅的图形

1. ggbio：
   我用函数layout_karyogram检查了包ggbio，但是染色体是在垂直位置绘制的。我没有找到一种方法来旋转图形，每个染色体下面都有一个名称，并在其区段旁边写下我的SNP的名称。



1. geom_bar：
   然后我尝试了ggplot2包中的geom_bar：

data<-data.frame(chromosome=paste0("chr", 1:4),size=c(100,400,300,200),stringsAsFactors = FALSE)
dat$chromosome<-factor(dat$chromosome, levels = dat$chromosome)
SNP<-data.frame(chromosome=c(1,1,2,3,3,4),Position=c(50,70,250,20,290,110),Type=c("A","A","A","B","B","B"),labels=c("SNP1","SNP2","SNP3","SNP4","SNP5","SNP6"))

p <- ggplot(data=data, aes(x=chromosome, y=size)) + geom_bar( stat="identity", fill="grey70",width = .5)  +theme_bw()
p + geom_segment(data=SNP, aes(x=SNP$chromosome-0.2, xend=SNP$chromosome+0.2, y=SNP$Position,yend=SNP$Position,colour=SNP$Type), size=1) +annotate("text", label =SNP$labels, x =SNP$chromosome-0.5, y = SNP$Position, size = 2, colour= "red")    



这里唯一的问题是，它看起来更像是一个条纹而不是染色体。我想要四肢四肢。 I found someone who got the same problem as I am

1. geom_path：
   我没有使用geom_bar，而是使用geom_path选项lineend = "round"来获得四舍五入。

ggplot() + geom_path(data=NULL, mapping=aes(x=c(1,1), y=c(1,100)),size=3, lineend="round")   



形状看起来很不错。所以我试着为几条染色体运行代码。

p <- ggplot()
data<-data.frame(chromosome=paste0("chr", 1:4),size=c(100,400,300,200),stringsAsFactors = FALSE)
for (i in 1:length(data[,1])){
  p <- p + geom_path(data=NULL, mapping=aes(x=c(i,i), y=c(1,data[i,2])), size=3, lineend="round")
}   



它不起作用，我不知道为什么，但p只能保存最后一条染色体而不是在我的核型图中绘制四条染色体。

对这些问题的任何建议？

Answer 1

我会选择geom_segment。 SNP段的x开始/结束是硬编码的（as.integer(chr) -+ 0.05），否则代码非常简单。

ggplot() +
  geom_segment(data = data,
               aes(x = chr, xend = chr, y = 0, yend = size),
               lineend = "round", color = "lightgrey", size = 5) +
  geom_segment(data = SNP,
               aes(x = as.integer(chr) - 0.05, xend = as.integer(chr) + 0.05,
                   y = pos, yend = pos, color = type),
               size = 1) +
  theme_minimal()

data <- data.frame(chr = paste0("chr", 1:4),
                   size = c(100, 400, 300, 200))

SNP <- data.frame(chr = paste0("chr", c(1, 1, 2, 3, 3, 4)),
                  pos = c(50, 70, 250, 20, 290, 110),
                  type = c("A", "A", "A", "B", "B", "B"))