在Windows上安装的R 3.3.1中执行R脚本

Question

对不起基本问题。我正在尝试运行一个名为cuffdiff_gtf_attributes的R脚本（请在Windows 7上安装的R 3.3.1中的enter link description here处找到它。脚本以下面的行开头：

#!/usr/bin/env Rscript

当我在R中输入cuffdiff_gtf_attributes时，它会显示Error: object 'cuffdiff_gtf_attributes' not found。另外，我尝试了Rscript cuffdiff_gtf_attributes让我回复：Error: unexpected symbol in "Rscript cuffdiff_gtf_attributes". 此外，我尝试source('cuffdiff_gtf_attributes.R')似乎工作并返回脚本的使用

Error: 
 usage: cuffdiff_gtf_attributes --input=<inputGTF> [--output=outputGTF] | --help

但是，当我将参数添加为source('cuffdiff_gtf_attributes.R') --input=file.gtf时，它会说：Error: object 'file.gtf' not found。我还尝试将此命令用作ource('cuffdiff_gtf_attributes.R') --input file.gtf，它表示Error: unexpected symbol in "source('cuffdiff_gtf_attributes.R') --input file.gtf"

抱歉，我无法发布样本GTF文件，您可以在enter link description here找到一个简短的样本

一切都是当前的道路。你能帮我解决一下这个剧本吗？

提前致谢

Answer 1

这是一个脚本文件。您应该使用Rscript而不是Rgui.exe运行。在命令提示符下，导航到file.gtf所在的目录并运行：

"%Programfiles%\R\R-3.3.3\bin\Rscript" cuffdiff_gtf_attributes.R --input=file.gtf