Question

我目前正在处理一个以文件作为输入的脚本。输入文件如下所示：

ECHANTILLON GENOTYPE    
CAN1        genotype1   
CAN2        genotype1   
CAN3        genotype1   
EUG1        genotype2   
EUG2        genotype2   
EUG3        genotype2   
EUG4        genotype2

我想要做的是创建一个哈希：

作为GENOTYPE列的第一个键和
第二个密钥叫＆＃34;样本＆＃34;这将指向＆＃34; ECHANTILLON＆＃34;柱。因此它的值将给出例如CAN1，CAN2 ......

以下是我的脚本：

#!/usr/local/perl-5.24.0/bin/perl
use warnings;
use strict;

use Data::Dumper;
use feature qw{ say };
use Getopt::Long; 



my $list_geno;

GetOptions("g|input=s"=>\$list_geno);
my %hash_geno_group;

open(GENOTYPED,"<$list_geno") or die ("Cannot open $list_geno\n");
while (defined(my $l1= <GENOTYPED>)) 
    {
        my @geno_group_infos = split(m/\t/,$l1); 
        next if ($l1 =~ m/^ECHANTILLON/); 
        chomp($l1);
        my $sample_nm = $geno_group_infos[0]; 
        my $sample_geno_group = $geno_group_infos[1]; 
        push @{ $hash_geno_group{$sample_geno_group}{"sample"} },$sample_nm;
        foreach $sample_geno_group (keys (%hash_geno_group)){
            foreach $sample_nm (values %{$hash_geno_group{%{$sample_geno_group}{"sample"}}}){
            print $sample_geno_group, "\t" ,  $sample_nm, "\n";
}
}
}


close(GENOTYPED);
exit;

我试图检查返回$ sample_nm变量的打印但是它返回错误

Can't use string ("genotype1") as a HASH ref while "strict refs" in use at Test.pl line 27, "GENOTYPED" line 2".

任何人都可以解释一下：

为什么我有这种类型或错误;
如何从第1列获取值。我还需要将它们存储到另一个变量中，以便将它们与相同的值进行比较，但是要从另一个输入文件中进行比较。谢谢！

Answer 1

替换

行

foreach $sample_nm (values %{$hash_geno_group{%{$sample_geno_group}{"sample"}}}){

与

foreach $sample_nm (@{$hash_geno_group{$sample_geno_group}{"sample"}}){

$sample_geno_group是散列%hash_geno_group的关键字，即。一个字符串（示例中为genotype1或genotype2）。但是当您执行%{$sample_geno_group}时，您将其取消引用，就好像它是一个哈希引用，因此错误Can't use string as HASH ref ...。

此外，values %{ xxx }应该用于检索xxx引用的哈希值。但在您的情况下，xxx（即$hash_geno_group{$sample_geno_group}{"sample"}）是对数组的引用，您在其中插入了上面带有push ...两行的元素。所以@{ xxx }应该用来检索它的元素（正如我在我建议的修复中所做的那样）。

另一个建议：使用my声明的变量而不是您的赤字GENOTYPED（例如，open my $genotype, '<', $list_geno or die "Can't open '<$list_geno': $!"）。

Perl错误：不能使用字符串（＆＃34;＆＃34;）作为HASH参考，而严格参考＆＃34;在Test.pl行使用＆＃34; n＆＃34;，<file>第2行

1 个答案: