Question

我有以下列表：

    COX1
    COX1
    COX1
    COX1
    COX1
    Cu-oxidase
    Cu-oxidase_3
    Cu-oxidase_3
    Fer4_NifH

我要搜索列表中是否有COX1和Cu-oxidase，我想打印xyz，如果Cu-oxidase_3和Fer4_NifH在也是列表（如果前两个在列表中是独立的，那么它应该打印abc。

这是我到目前为止的脚本：

if grep 'COX1' file.txt; then echo xyz; else exit 0; fi

但它当然是不完整的。任何解决方案？

理想情况下，我的输出是：

xyz
abc

Answer 1

Awk可让您轻松搜索多个正则表达式，并打印除匹配字符串本身以外的其他内容。（grep也可以轻松搜索多个模式，但它会打印匹配或其行号或文件名，而不是一些任意字符串。）

以下假设您每行都有一个令牌。这个假设使脚本非常简单，但支持其他场景也不难。

awk '{ a[$1]++ }
    END { if (("COX1" in a) && ("Cu-oxidase" in a)) print "xyz";
        if (("Cu-oxidase_3" in a) && ("Fer4_NifH" in a)) print "abc" }' file.txt

这构建了每个标记的关联数组（实际上是每行上第一个以空格分隔的标记），然后在最后，当它读取文件中的每一行时，检查所寻找的标记是否作为数组中的键存在

对输入文件执行单次传递是一项重大胜利，尤其是如果您有大量输入文件和许多模式。为了完整起见，使用grep执行多次传递的语法非常简单;

if grep -qx 'COX1' file.txt && grep -qx 'Cu-oxidase' file.txt
then
    echo xyz
fi

可以进一步缩写为

grep -qx 'COX1' file.txt && grep -qx 'Cu-oxidase' file.txt && echo xyz

注意-x开关要求整行匹配（否则正则表达式'Cu-oxidase'也会匹配 Cu-oxidase_3 行。

Answer 2

以上是实现这一目标的非常冗长的方式。有一些方法可以用较少的if和更少的grep来编写相同的内容，但我真的想向您展示逻辑：

运行grep命令，使用$?检查其返回值，最后根据条件执行操作。

# default values
HAS_COX1=0
HAS_CUOX=0
HAS_CUO3=0
HAS_FER4=0

# run silently grep
grep -q 'COX1' file.txt
# check for return value and set variable accordingly
if [ $? -eq 0 ]; then HAS_COX1=1; fi

# same as above
grep -q 'Cu-oxidase' file.txt
if [ $? -eq 0 ]; then HAS_CUOX=1; fi
grep -q 'Cu-oxidase_3' file.txt
if [ $? -eq 0 ]; then HAS_CUO3=1; fi
grep -q 'Fer4_NifH' file.txt
if [ $? -eq 0 ]; then HAS_FER4=1; fi

if [ $HAS_COX1 -eq 1 ]; then
  if [ $HAS_CUOX -eq 1 ]; then
    echo 'xyz'
    exit 0
  fi
fi

if [ $HAS_CUO3 -eq 1 ]; then
  if [ $HAS_FER4 -eq 1 ]; then
    echo 'abc'
    exit 0
  fi
fi

echo 'None of the checks where matched'
exit 1

注意：此代码未经测试，因此可能存在错误☺

代码并不完美，因为当满足这两个条件时，它无法同时打印'xyz'和'abc'（但这可以通过我提供的语法轻松修复）。每当找到$HAS_CUOX时，1也会设置为$HAS_CUO3（grep正则表达式中没有边界检查）。

您可以使用单个grep为每组条件进行检查，使用'COX1\|Cu_oxidase'作为grep的正则表达式来进一步获取该代码。并解决了我上面提到的小问题。

理想情况下，我的输出将是： xyz abc

在我编写完上述脚本后添加了您的预期输出，但考虑到我给你的元素，你应该能够想出如何改进它（基本上删除放置它们的exit 0，然后执行{ {1}}当没有给出输出时。

或者只删除所有exit 1作为脏解决方案。

如果找到则搜索值并打印（BASH）

2 个答案: