Question

假设我做了四次测量/实验（M1..M4），产生的强度值在5个位置（loc_1 ... 5）之间变化。我观察了各种类别的元素（n = 7）。现在，我想使用ggplot2中的facet_grid和geom_raster将结果汇总到一个图表中。我最终得到了下图（见图）。

现在的问题是是否有一个简单的解决方案来强制行填充每个方面的空间（即在每个面板中删除未使用的行）。

谢谢

rm(list=ls())
library(ggplot2)
library(reshape2)

set.seed(123)

# let's create a fake dataset
nb.mesure <- 4
n.row <- 200
n.col <- 5
nb.class <- 7


d <- matrix(round(runif(n.row * n.col),2), nc=n.col) 
colnames(d) <- sprintf("Loc_%02d", 1:5)

# These strings will be the row names of each heatmap
# in the subsequent facet plot
elements <- sample(replicate(n.row/2, 1:100))

# let's create a data.frame d
d <- data.frame(d, 
                mesure = sort(rep(c("M1","M2","M3", "M4"), n.row/4)),
                elements= elements,
                class=sample(nb.class, 
                             length(elements), 
                             rep=T,
                             prob = seq(0.01, 0.25, length.out=7))
                             )



# Data are melt
dm <- melt(d, id.var=c( "mesure", "elements", "class"))
colnames(dm) <- c("mesure","elements", "class", "pos", "intensity")

# Plotting
p <- ggplot(dm, aes(x = pos, y = elements, fill = intensity))
p <- p + geom_raster()                                        
p <- p + facet_grid(mesure~class , scales = "free", space="free_y")
p <- p + theme_bw()
p <- p + theme(text = element_text(size=8))
p <- p + theme(text = element_text(family = "mono", face = "bold"))
p <- p + theme(axis.text.y = element_blank(), 
               axis.ticks.y=element_blank(),
               axis.text.x = element_text(colour="grey20",
                                           size=6,angle=45,
                                        vjust = 0.3))
print(p)

Answer 1

如果您的目标是为NA和mesure, elements, class的所有缺失组合引入pos值（或其他内容），则可以使用complete中的tidyr函数1}}包如此：

library(tidyr)

dm <- complete(dm, mesure, elements, class, pos, fill = list(intensity = NA))

<强>更新

如果您希望扩展非NA值以填充每个方面，则必须远离facet_grid并切换到facet_wrap。

p <- p + facet_wrap(mesure~class , scales = "free_y", nrow = 4)

在ggplot2中使用facet_grid和geom_raster时填充行

1 个答案: