如何在R中生成一个大的空(零)数字ffdf?

时间:2017-03-23 22:29:14

标签: r ff

假设我正在尝试生成一个大的空零矩阵,我可以从数据中填充(例如计数数据)

包ff中的

require(ff)
require(ffdf)

如果有15,000列(变量)和20行(观察),我可以执行以下操作

ffdf.object = ffdf( ff(0, dim = c(20, 15000)) )

我认为ff的意思是加载更大的数据集。例如:

> test = matrix(0, nrow = 1000000, ncol = 15000)
Error: cannot allocate vector of size 111.8 Gb

但是ff给出了大致相同的问题,矩阵的总尺寸不能大于.Machine $ integer.max

> test = ff(0, dim = c(1000000, ncol = 15000))
Error in if (length < 0 || length > .Machine$integer.max) stop("length must      be between 1 and .Machine$integer.max") :   
 missing value where TRUE/FALSE needed
In addition: Warning message:
In ff(0, dim = c(1e+06, ncol = 15000)) :
  NAs introduced by coercion to integer range

有没有一种简单的方法可以在R中创建一个大的(例如1M×15k)ffdf?或者有一个简单的方法来制作最大可能的矩阵ffdf,然后rbind额外的行(使用工作代码。到目前为止,rbind和ffdfappend都没有对我有效)?

1 个答案:

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您可以创建一个SQL数据库。查看RSQLite包。