我需要循环使用数百个文件才能使用bash脚本进行分析。我需要做的一步是拆分一个长字符串并将其作为输出名称。例如,假设我有一个字符串,如:
5018.a.Radiation_Induced_Lymphoma.Tumor__p53+_-.SL200300_SL200300.exome_1tier.mm10.kapa_re_cap_v6_3utr.final.bam
我想要的是将其重命名为两个输出文件名,例如:
5018.a.Radiation_Induced_Lymphoma.Tumor__p53+_-.SL200300_SL200300.exome_1tier.mm10.kapa_re_cap_v6_3utr.final_R1.fastq
5018.a.Radiation_Induced_Lymphoma.Tumor__p53+_-.SL200300_SL200300.exome_1tier.mm10.kapa_re_cap_v6_3utr.final_R2.fastq
唯一的变化是从原始.bam
cat
和_R1.fastq
中移除_R2_fastq
。有人知道如何使用bash命令实现它吗?
答案 0 :(得分:1)
curl -v -s https://httpbin.org/get 2>&1