bash字符串拆分和连接

时间:2017-03-23 13:16:14

标签: bash

我需要循环使用数百个文件才能使用bash脚本进行分析。我需要做的一步是拆分一个长字符串并将其作为输出名称。例如,假设我有一个字符串,如:

5018.a.Radiation_Induced_Lymphoma.Tumor__p53+_-.SL200300_SL200300.exome_1tier.mm10.kapa_re_cap_v6_3utr.final.bam

我想要的是将其重命名为两个输出文件名,例如:

5018.a.Radiation_Induced_Lymphoma.Tumor__p53+_-.SL200300_SL200300.exome_1tier.mm10.kapa_re_cap_v6_3utr.final_R1.fastq
5018.a.Radiation_Induced_Lymphoma.Tumor__p53+_-.SL200300_SL200300.exome_1tier.mm10.kapa_re_cap_v6_3utr.final_R2.fastq

唯一的变化是从原​​始.bam cat_R1.fastq中移除_R2_fastq。有人知道如何使用bash命令实现它吗?

1 个答案:

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curl -v -s https://httpbin.org/get 2>&1