在R中使用基本图形的带有SEM错误栏的分组条形图？

Question

编辑：基于以下评论，我决定更明确。所以这是我正在处理的数据的一个例子。

> example_data
   A     B        outcome
1  2.31  1.47       Y
2  2.14  1.32       N
3  3.49  1.00       Y
4  2.12  0.62       Y
5  0.47  0.55       N
6  3.36  0.50       N
7  3.50  0.33       Y
8  1.97  0.39       Y
9  3.12  0.99       N
10 2.04  0.89       Y
11 2.78  0.36       Y
12 1.83  0.70       N
13 3.53  0.77       N
14 2.25  0.39       N
15 1.67  0.43       N
16 3.09  1.10       Y

所以，我有两个变量A和B。它们是较大变量的子组，因此它们可以在同一y轴上表示。我想用另一个有两个级别的变量outcome对它们进行分组。

我做以下

> dataset <- example_data
> attach(dataset)
> means1<- tapply(A,outcome,function(x) mean(x,na.rm=TRUE))
> means2<- tapply(B,outcome,function(x) mean(x,na.rm=TRUE))
> std.err1<- tapply(A,outcome,function(x)sd(x,na.rm=TRUE)/sqrt(length(na.omit(x))))
> std.err2<- tapply(B,outcome,function(x)sd(x,na.rm=TRUE)/sqrt(length(na.omit(x))))
> matrix_means<- matrix(c(means1,means2),byrow = TRUE)
> graph<- barplot(matrix_means, beside=TRUE, space=c(0.2,0,0.2,0), axes=FALSE, ann=FALSE, col=c("white","black","red","blue"),ylim=c(0,4), names=c("Outcome-N","Outcome-Y","Outcome-N","Outcome-Y"), xpd=FALSE)
> axis(2, cex.axis=1.5)

现在我还需要使用箭头功能在每组的平均值和mean+sem之间绘制SEM条。

我可以使用tapply获取SEM，但不知道如何将箭头放在4个条形图中的每一个上。

> arrows(graph, means1, graph, means1 + std.err1, graph, means2, graph, means2 + std.err2, code=3, angle=90, length=0.1)

这不会在图上放置任何箭头。

使用base图片而不是ggplot2 ，我该怎么做？有人可以帮忙吗？我的所有其他图表都是使用GrapheR中的R包完成的，所以我也尝试使用基本图形来完成这个，所以它们对于我的手稿看起来都一样。

感谢。

Answer 1

R，S。是正确的，如果你制作MCVE，我们就会更容易理解你的问题，看看如何提供帮助。如果您的数据集非常大并且难以制作合理的子集，则预加载的数据集可以派上用场。您可以通过运行data(package="datasets")获取可用内容列表。

在这种情况下，你的问题非常笼统，从你所写的内容来看，你已经超过了一半。 您创建的graph对象包含相关的x值。使用均值和SEM值，您已经知道箭头应该从哪里开始以及它们应该延伸到多远，因此您所要做的就是将此信息作为向量传递给arrow函数，并且您是金色的。 / p>

由于您尚未提供任何数据，我将使用mtcars数据集进行演示。

data(mtcars)

summ.df <- data.frame(
  mean=tapply(mtcars$hp, mtcars$cyl, mean),
  sd=tapply(mtcars$hp, mtcars$cyl, sd),
  n=tapply(mtcars$hp, mtcars$cyl, length))

summ.df$sem <- summ.df$sd/sqrt(summ.df$n)

par(mar=c(2.5, 2.5, 2, 1.5))
bplt <- barplot(summ.df$mean, col="white")
arrows(bplt, summ.df$mean+summ.df$sem, 
       bplt, summ.df$mean-summ.df$sem, 
       angle=90, code=3, xpd=NA, length=0.1)

回复更新
拨打arrows的电话会给您带来麻烦。如果您阅读文档（?arrows），您将看到四个第一个参数是箭头起点和终点的x和y坐标。对于每个箭头，开始和结束x值是相同的（它们是完全垂直的）并由graph给出，而结束和开始y值分别由平均值±SEM给出。

因此，您可以通过调用

获得正确的结果

arrows(graph, c(means1, means2) + c(std.err1, std.err2), 
       graph, c(means1, means2) - c(std.err1, std.err2), 
       code=3, angle=90, length=0.1)