在生存点(RMS包)中存活曲线的y轴负面部分的风险表中定位

时间:2017-03-22 15:11:02

标签: r survival-analysis

我正在制作一个失败的情节,并希望将风险表显示在x轴线上方但低于y = 0点。这是因为对于这个图,大多数数据都在底部附近,所以它重叠太多(现在我把表放在图的顶部)。以下将适合此白色区域中的曲线 - 特别是 ylim y.n.risk 选项(后者设置风险表的底部位置)。但是,我不希望y轴显示-0.2的标签,因为显然这对生存没有意义。有没有办法隐藏这个值?

survplot(cm1b_surv, fun=function(y)(1-y), lty=c(1,2,3),xlim=c(0,30),ylim=c(-0.2,0.8),time.inc=5,
     conf='none', n.risk=TRUE, adj.n.risk=0.5, cex.n.risk=0.65, levels.only=TRUE, y.n.risk=-0.2,
     xlab='Time from Donation to Event (Years)',
     ylab='Probability of Diagnosis')

具有讽刺意味的是,SAS(这是我12年来的经验)确实让你这样做,我想要一个模仿这个特定方面的情节。请参阅此pdf中的图8:

https://support.sas.com/resources/papers/proceedings13/427-2013.pdf

编辑:这是一个可重复的例子。对不起,我还没有弄清楚所有的格式化技巧。此代码将生成样本累积概率曲线,其中y轴的负部分中存在风险表。我想从y轴隐藏-0.2值和刻度标记。

library(rms)
library(survival) 
yrs_sample<-c(1:100) 
Prob <- c(0.9, 0.3, 0.6, 0.8, 0.23, 0.45, 0.1, 0.3, 0.5, 0.03) 
niter<- 100 
randomSample<-rbinom(niter,1,prob=rep(Prob,niter)) 
surv_sample<-data.frame(yrs_sample,randomSample) 

sample_surv<-npsurv(Surv(yrs_sample,randomSample)~1,data=sur‌​v_sample) 

survplot(sample_surv, fun=function(y)(1-y),lty=c(1,2,3),xlim=c(0,30),ylim=c(-0.2,0.8),time.inc=5, conf='none', n.risk=TRUE, adj.n.risk=0.5, cex.n.risk=0.65, levels.only=TRUE, y.n.risk=-0.2)

谢谢!

斯科特

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