Workflow for statistical analysis and report writing
这个问题有很多好的答案，但正如所指出的那样，它们已经过时了。
我主要处理的是在论文发表后可能永远不会重新运行的脚本。在我不需要将代码重新分发到世界以便于访问的情况下，软件包是否值得一试？数据组织怎么样？如何使用makefile？
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我想如果你使用Josh Reichs在你提供的那篇文章中提出的基础知识，确保你创建一个目录来保存所有内容，那么你就可以了。
我为现代世界增加的一步是以一种可用格式制作降价报告。
这三个报告系统的优点在于您可以将思维过程，代码，数据，图形和可视化集成在一个位置。
所以，如果你说没有人会重新运行你的代码，那么他们至少会看到它来安抚怀疑。此外，如果他们确实选择重复您的过程，他们只需遵循您的逻辑并处理重复文档（特别是使用笔记本电脑）
至于使用包裹。这是一个更复杂的问题。如果包裹精心编排并节省大量时间清理，分类和构建数据，请使用它们！时间就是金钱。如果您使用它们的内容很简单，直接，就像编写自己的程序一样容易，并且可以为那些陪同您的论文的人识别，这可能无关紧要。
我觉得重要的一个地方是复杂的过程很难（读起来很容易自己做错）并且已经被先前的研究人员实施，测试和审查。
使用这些软件包可以获得可信度，并使同行更容易接受面值的方法。但如果你处于最前沿......你应该随意切掉。也许自己制作一个包！