Question

我目前正在运行一个程序，将药物停靠在某些蛋白质上并给它一个等级。对于一次运行，它创建一个带有文件的唯一目录：log.txt和out.pdbqt（.pdbqt文件基本上是药物的3D坐标）。我为成千上万的药物做这个，所以我在一个主目录中创建了数千个子目录。它造成了一团糟。我想知道Linux终端或bash脚本的命令在所有目录中的所有log.txt文件中搜索特定文本（文本示例为-8。*或-12。*）是什么然后，将包含具有特定文本的文件的任何目录复制到名为results的新文件中。我不想要合并.pdbqt文件（它可能会弄乱xyz坐标）。基本上我希望所有在log.txt文件中包含文本的目录，我搜索的文件都被复制到一个名为results的目录中。

我正在运行的效率较低的是这个。

`#! /bin/bash

for f in drugbank/ligands_*.pdbqt; do
    b= basename $f .pdbqt
    echo Processing ligand $b
    mkdir -p $b
    ./vinaXB --config conf.txt --ligand $f --out ${b}/out.pdbqt --log ${b}/log.$
done`

这样做是为子目录/ drugbank /中的所有药物运行程序并根据药物文件的标题在程序所在的主目录中创建目录。在这种情况下，配体_ *。pdbqt。

然后我用：

find . -type f -name "*.txt" -exec grep -il '-8.*' {} \;

然后我手动将给定文件复制并粘贴到一个文件夹中，然后仔细检查它是否给出了合适的分数。

另外，如果你能给我一个linux命令，告诉程序打开所有子目录中具有给定名称的所有文件，这些文件将是极好的。假设我已经使用了导出并更改了./~bashrc。

干杯！

Answer 1

如果我理解你的问题，那么解决问题只是一小部分：

我通过以下命令模拟了您的问题：

$ find . -name "*.cc" -exec grep -l 'main' {} \;
./autocorrelation.cc
./QATM/testQATM.cc
./QDockTreeView/testQDockTreeView.cc
./QFileDialog/testQFileDialog.cc
./QFontMetric/testQFontMetric.cc
./QGLWidgetHUD/testQGLWidgetHUD.cc
./QLabelImage/testQLabelImage.cc
./QPopup/testQPopup.cc
./QProcess/testQProcess.cc
./QRadioButtonRichText/testQRadioButtonRichText.cc
./QTableViewNoScroll/testQTableViewNoScroll.cc
./QWidgetKineticScroll/testQWidgetKineticScroll.cc
./test-bimap-mt.cc
./test-bimap.cc
./test-cout.cc
./test-dup-symbol.cc
./test-hex.cc
./test-longdouble.cc
./test-master-slave.cc
./test-op-plus.cc
./test-swap.cc
./testVecRef.cc
./testVSDebug.cc

它提供了包含特定模式的每个文件的路径列表（在我的例子中为main）。那么，这个清单怎么办？我将其输入while read循环以进行进一步处理：

$ find . -name "*.cc" -exec grep -l 'main' {} \; \
> | while read FILE; do echo cp "$FILE" ./hits/ ; done
cp ./autocorrelation.cc ./hits/
cp ./QATM/testQATM.cc ./hits/
cp ./QDockTreeView/testQDockTreeView.cc ./hits/
cp ./QFileDialog/testQFileDialog.cc ./hits/
cp ./QFontMetric/testQFontMetric.cc ./hits/
cp ./QGLWidgetHUD/testQGLWidgetHUD.cc ./hits/
cp ./QLabelImage/testQLabelImage.cc ./hits/
cp ./QPopup/testQPopup.cc ./hits/
cp ./QProcess/testQProcess.cc ./hits/
cp ./QRadioButtonRichText/testQRadioButtonRichText.cc ./hits/
cp ./QTableViewNoScroll/testQTableViewNoScroll.cc ./hits/
cp ./QWidgetKineticScroll/testQWidgetKineticScroll.cc ./hits/
cp ./test-bimap-mt.cc ./hits/
cp ./test-bimap.cc ./hits/
cp ./test-cout.cc ./hits/
cp ./test-dup-symbol.cc ./hits/
cp ./test-hex.cc ./hits/
cp ./test-longdouble.cc ./hits/
cp ./test-master-slave.cc ./hits/
cp ./test-op-plus.cc ./hits/
cp ./test-swap.cc ./hits/
cp ./testVecRef.cc ./hits/
cp ./testVSDebug.cc ./hits/

一些注意事项：

我使用\ ENTER 格式化命令。第二行开头的>是bash的输出（通知行继续）。你可以把这一切都留下来。
我的实际循环命令是echo。如果我删除它，循环已复制所有文件（并使我的SSD上的左侧可用空间更小）。我确定您可以用适合您情况的任何内容替换echo cp。
我在Windows 10（64位），cygwin和bash上做过这个，但它也适用于Linux（以及其他所有类Unix操作系统）。

再次阅读您的问题后，我注意到您要求（在标题中）将所有文件合并到一个文件中。我在文中以某种方式错过了它。

但是，cat是命令用于 cat -enate文件。在这种情况下，cat仅用于输出，并且通过附加重定向>>来实现连接，例如：

$ rm ./hits.txt ; find . -name "*.cc" -exec grep -l 'main' {} \; \
| while read FILE; do cat "$FILE" >> ./hits.txt ; done
rm: cannot remove './hits.txt': No such file or directory

$ ls -l hits.txt
-rw-rw-r--+ 1 ????? ????? 81698 Mar 18 09:19 hits.txt

注意：

我还检查了less hits.txt是否有效。确实如此，但我不想在这里粘贴所有输出（81698字节）。
仅当./hits.txt不可用时才会出现错误消息rm: cannot remove './hits.txt': No such file or directory。 >>表示＆＃34;追加＆＃34;。因此，在收集新内容之前删除以前的结果可能很重要。因为，我过去常常从bashs历史中重新调用命令行，所以重复调用是合理的。（但是，如果rm以这种方式失败，则不应该有任何令人烦恼的副作用。）

在日志文件中搜索特定文本，然后将日志文件的所有内容合并到一个文件中

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