Question

我必须对R中的source()命令有所了解。我还不熟悉它，但我不能为我的生活理解它是如何得到它的目录的从！我的问题是：

我有一个包装器脚本wrapper.R和一个包含一些函数functions.R的源文件。这两个都在同一个目录中。如果我在包装器脚本中调用source('functions.R')，当站在两个文件所在的目录中时，一切都很好。但是，我希望能够从某些其他目录运行我的wrapper.R脚本，即。而不是这些脚本所在的目录。如果我为另一个目录运行我的包装器，它不起作用，我收到cannot open the file错误。

我用Google搜索并找到了许多不同的主题，但this question似乎非常清楚。我理解它的方式，我做它的方式应该可以工作。显然，我误解了一些事情。我对该主题的阅读使我相信source()适用于调用source()的文件所在的目录。我的阅读也让我相信我不应该使用{{1因为我想保留广告的相对目录。

看到它不起作用......我有什么误解？当从其他地方调用时，如何从与我的包装器脚本相同的目录中获取文件？

Answer 1

如果您要向同事分发脚本，那么您真的不应该编写源自其他脚本的脚本。如果您希望将来重命名或移动functions.R该怎么办？如果您需要修改functions.R中的函数，但wrapper.R依赖于该函数的旧版本，该怎么办？这是一个脆弱的解决方案，会导致头痛。我会推荐以下任何一种。

将所需的所有内容放入一个自包含的脚本中并分发。
如果确实想要将代码分成不同的文件，请编写一个包。可能听起来有点矫枉过正，但包装实际上可以非常简单轻巧。在最简单的形式中，包只是一个带有DESCRIPTION和NAMESPACE文件以及R/目录的目录。哈德利很好地打破了这个问题：http://r-pkgs.had.co.nz/。

Answer 2

您可以使用here包执行此操作。它使用“加载包时的当前工作目录”。换句话说，您从。

开始R会话的目录

在您的情况下，代码将是：

source(here::here('functions.R'))

即使包装脚本wrapper.R位于项目的不同目录中，这也会有效。

如果functions.R位于项目的子目录中，只需将其添加到here()的调用中，即可完成相对路径：

source(here::here('subdirectory', 'functions.R'))

Answer 3

也许您可以在wrapper.R中定义一个帮助函数，它将尝试从同一目录加载其他文件。例如

source_here <- function(x, ...) {
    dir <- "."
    if(sys.nframe()>0) {
        frame <- sys.frame(1)
        if (!is.null(frame$ofile)) {
            dir <- dirname(frame$ofile)
        }
    }
    source(file.path(dir, x), ...)
}

然后你会打电话给

# inside wrapper.R
source_here("functions.R")

然后您将拥有源wrapper.R，它将在同一目录中查找functions.R。

Answer 4

我尚未看到的一个答案是仅使用绝对路径。 source("myfunctions.R")时，它使用的是getwd()中的隐式相对路径。更改工作目录时，请使用完整路径来避免出现问题。

Answer 5

source 根本不支持这一点。其他答案显示了一些在有限情况下有效但在某些（常见）情况下都失败的解决方法。尤其是，正如您自己指出的那样，chdir = TRUE 不是一个好的选择。

更好的解决方案是从“box”包中获取box::use。该包允许您将 R 源代码视为适当的模块。这样做的一个特性是模块可以加载本地模块。

在您的 wrapper.R 中，将 source 调用替换为

box::use(./functions[...])

或者，如果您想从您的 wrapper.R 模块导出这些函数（而不是仅仅在内部使用它们），请改为执行以下操作：

#' @export
box::use(./functions[...])

并加载 wrapper.R 本身，使用

box::use(project/wrapper)

其中 project 是项目名称，需要与您的 wrapper.R 脚本所在的文件夹名称相对应。

请参阅 Get started 小插图以了解有关“box”模块用法的更多信息。

R：source（）和源文件路径

5 个答案: