Question

我有一个matrix（基因表达来自几个条件）：

set.seed(1)
mat <- matrix(rnorm(50*10),nrow=50,ncol=10,dimnames=list(paste("C",1:50,sep="."),paste("G",1:10,sep=".")))

我希望在heatmap中使用plotly绘制为R。

require(plotly)
heatmap.plotly <- plot_ly(x=colnames(mat),y=rownames(mat),z=mat,type="heatmap",colors=colorRamp(c("darkblue","white","darkred")),colorbar=list(title="Score",len=0.4)) %>%
  layout(yaxis=list(title="Condition"),xaxis=list(title="Gene"))

工作正常。

但是，我想添加仅在悬停时才能看到的文字。

我认为这样可行：

conditions.text <- paste(paste("C",1:50,sep="."),rep(paste(LETTERS[sample(26,10,replace=T)],collapse=""),50),sep=":")
heatmap.plotly <- plot_ly(x=colnames(mat),y=rownames(mat),z=mat,type="heatmap",colors=colorRamp(c("darkblue","white","darkred")),colorbar=list(title="Score",len=0.4),hoverinfo='text',text=~conditions.text) %>%
  layout(yaxis=list(title="Condition"),xaxis=list(title="Gene"))

但事实并非如此。实际上，当我将鼠标悬停在情节上时，我看不到任何文字。

请注意，我正在使用matrix而不是melted data.frame。

Answer 1

您将50x10的数组传递到热图中，但是将50个条目列为hoverinfo。热图和文本的输入必须具有相同的尺寸。

library(plotly)
set.seed(1)
mat <- matrix(rnorm(50*10),nrow=50,ncol=10,dimnames=list(paste("C",1:50,sep="."),paste("G",1:10,sep=".")))

conditions.text <- paste(paste("C",1:50,sep="."),rep(paste(LETTERS[sample(26,10,replace=T)],collapse=""),500),sep=":")
conditions.text <- matrix(unlist(conditions.text), ncol = 10, byrow = TRUE)

plot_ly(z=mat,
        type="heatmap",
        hoverinfo='text',
        text=conditions.text)

Answer 2

因此，plotly中的~语法旨在用作data = ...对象的引用，例如data$...。由于情节的热图不适用于data参数，因此它不会在这里工作。您需要构造一个与mat具有相同维度的矩阵，以便提供给text = ...参数。有点笨重，但它有很好的情节：

# make a matrix same dimensions as mat
text.mat <- matrix(conditions.text, nrow(mat), ncol(mat))
heatmap.plotly <- plot_ly(x=colnames(mat),y=rownames(mat),z=mat,
                          type="heatmap",colors=colorRamp(c("darkblue","white","darkred")),
                          colorbar=list(title="Score",len=0.4), hoverinfo='text', text=text.mat) %>%
    layout(yaxis=list(title="Condition"),xaxis=list(title="Gene"))
heatmap.plotly

如果要为文本构建多行hoverinfo，只需在<\br>中使用内联text.mat标记，并将其作为html读取，并在呈现时创建行返回。

为plotly热图自定义悬停文本

2 个答案: