Question

我正在尝试根据博客帖子more network layouts在R中实施可折叠网络。但是，我总是得到Object not found的错误。

devtools::install_github
devtools::install_github("timelyportfolio/networkD3@feature/d3.chart.layout")
library(htmltools)
library(networkD3)

hc = hclust(dist(mtcars))

treeNetwork( 
   as.treeNetwork(hc, "mtcars")
)

tagList(
  lapply(
    c("tree.cartesian"
      ,"tree.radial"
      ,"cluster.cartesian"
      ,"cluster.radial"
     )
    ,function(chartType){
      hierNetwork(as.treeNetwork(hc), type=chartType, zoomable=T,    collapsible=T)
    }
  )
)
tree.cartesian

编辑1

我们如何将这些图形用于边缘文件来构建网络？示例：

From   To
 A      B
 A      C
 A      D
 D      L
 L      J
 J      T
 B      O

Answer 1

networkD3的当前官方开发版本（截至2017.09.02的v0.4.9000）有一个新功能treeNetwork，可以实现可折叠树。

devtools::install_github("christophergandrud/networkD3")
library(networkD3)

hc <- hclust(dist(mtcars))
treeNetwork(hc)

edges <- read.table(header = T, text = "
From   To
NA     A
A      B
A      C
A      D
D      L
L      J
J      T
B      O
")

edges <- as_treenetdf(edges, cols = c(nodeId = "To", parentId = "From"))
treeNetwork(edges)

它仍处于开发阶段，所以我们非常感谢feedback。

Answer 2

是：

library(networkD3)
to <- c("a","a","a","d","l","j","b") 
from <- c("b","c","d","l","j","t","o")
df <-data.frame(to,from)
simpleNetwork(df)

您应该使用官方的networkD3包：

install.packages("networkD3")

Answer 3

我不确定tree.cartesian对象应该在您的代码中是什么，但是您得到了错误＆＃34;找不到对象＆＃34;因为永远不会在代码中创建tree.cartesian对象。

话虽如此，如果从lapply函数中删除tagList命令，您的代码将会起作用。或者更简洁......

devtools::install_github("timelyportfolio/networkD3@feature/d3.chart.layout")
library(networkD3)

hc = hclust(dist(mtcars))

hierNetwork(as.treeNetwork(hc), type = 'tree.cartesian', zoomable = T, collapsible = T)
# or
hierNetwork(as.treeNetwork(hc), type = 'tree.radial', zoomable = T, collapsible = T)
# or
hierNetwork(as.treeNetwork(hc), type = 'cluster.cartesian', zoomable = T, collapsible = T)
# or
hierNetwork(as.treeNetwork(hc), type = 'cluster.radial', zoomable = T, collapsible = T)

为了清楚起见，你正在使用networkD3的一个分支，据我所知，它已经不再开发了。目前有一些意图将此功能添加到官方networkD3分支，但目前（v0.3.1），此功能（可折叠分支）目前不可用。

R中的可折叠网络图

3 个答案: