我使用不同的R包来生成我的网络（纯素，二分，Hmisc，igraph）。最后，我将.graphml格式的网络导入Cytoscape 3.4.0。 然后，我选择文件＆gt;导入＆gt;网络＆gt;文件。 我加载网络，我可以正确地看到它，但是当我想看到边缘重量时，它们就丢失了（在边桌中）......我的目标只是根据它们的重量来调整边缘宽度。
当我在文本编辑器中查看我的graphml文件时，它不包含边权重。这对我来说意味着我的R管道中缺少一个步骤来将边缘值添加到graphml文件中。
总结我的管道
> mat=rcorr(as.matrix(g)) #g is my OTU table
> matp=mat$P
> vec=p.adjust(matp,method="fdr")
> matpa=matrix(vec,nrow=100,ncol=100)
> matpa[matpa>.01]=0
> matr=mat$r
> matr[(-0.6)<matr& matr<0.6]=0
将两个表结合起来以保持r值与p值<0.01（matr2）
> matr2.c=as.matrix(matr2)
> net=graph.adjacency(matr2.c,weighted=T,mode="undirected",diag=F)
> net=delete.vertices(net,which(degree(net)<1))
然后我绘制我的图表，一切正常。我以这种方式生成我的graphml文件
> write.graph(net,"net.graphml",format=c("graphml"))
我是R Studio的初学者，而且我并不熟悉igraph包中的所有功能。我多次阅读本手册，但我还不确定哪个功能我应该选择。
由于
爱丽丝