Question

我正在尝试在Jupyter中运行R代码并添加了R Kernel。大多数情况下，包可以成功安装。但是，某些软件包（例如RCurl和ggmap）在安装时会出错。

示例：

install.packages("RCurl")

install.packages（“RCurl”）中的警告消息：   “安装包'RCurl'具有非零退出状态”在'.Library'中更新包的HTML索引

制作'packages.html'......完成

我该怎么办？

Answer 1

安装install.packages和RCurl时，请尝试在ggmap语句中将CRAN指定为存储库。例如：

install.packages("RCurl", repos='http://cran.us.r-project.org')

installing R packages through Anaconda/Jupyter beyond those included in R essential上的此Stack Overflow帖子提供了更多详细信息。

（旁注：我在尝试在计算机集群上安装R软件包时遇到了同样的问题。这个解决方案对我有用。）

Answer 2

使用conda注释：

conda install r-RCurl

Answer 3

尝试使用带有 R 内核的 Jupyter Notebook 安装软件包时，我一直获得非零退出状态，并且在想要安装软件包时由于多个依赖项而失败。我不是这些方面的专家，所以如果我在解释时犯了错误，或者这对你来说不是问题，请原谅我，但请随时发表评论以解决问题。我只想分享我的成功故事，希望它可以帮助其他人：我正在研究 MacBook Pro。以下是我在带有 R 内核的 jupyter notebook 上运行 R.version() 时得到的信息：

$platform           'x86_64-conda_cos6-linux-gnu'
$arch               'x86_64'
$os                 'linux-gnu'
$system             'x86_64, linux-gnu'
$language           'R'
$version.string     'R version 3.6.1 (2019-07-05)'

以下是解决问题的步骤：

转到https://anaconda.org/
搜索您尝试安装的软件包名称复制用于安装包的一行，它应该是这样的：

Conda install -c r r-caret #conda install -c r r-package_name

注意：有时在安装包的过程中，你会被问到是否要继续，所以在上面的语句末尾添加 --y 以继续，就像这样

Conda install -c r r-caret --y

（为了保险起见，我总是添加它）

单击新启动器（+ 图标）以使用 PySpark 创建新笔记本（打开后扩展名为 .ipynp）
在第一个单元格上粘贴第 2 步中复制的行并运行
完成后，重新启动当前笔记本上的内核
使用 R 内核重新启动其他笔记本上的内核
使用 R 内核在笔记本上运行 library(package_name)（例如 library(caret)）

Answer 4

install.packages("Hmisc", .libPaths(), repos='http://cran.us.r-project.org')

此命令将在 conda 中安装 packageagae "/home/user/anaconda3/lib/R/library" 并使用 cran r 存储库作为源。

在 Anaconda 中添加路径
根据{{3}} 还可以在 anaconda 中添加额外的路径来加载库（例如，R studio 保存用户安装的包的位置）
.libPaths( c( .libPaths(), "~/userLibrary") )

例如，以下对我有用：
在蟒蛇中：
.libPaths( c( .libPaths(), "C:\Users\name\Documents\R\win-library\3.5") )

当我尝试将anaconda的库路径添加到RStudio时，在安装一个包后出现错误（The procedure entry point MARK_NOT_MUTABLE could not be located in the dynamic link library << 连续出现4次），虽然包似乎加载了。

用您的本地用户文件夹名称替换名称

在 RStudio 中添加/更改路径
更改默认用户安装的库路径的有用链接：
this answer,

要找出软件包的安装位置：
find.package('package_name')

Answer 5

没有其他人提供的说明对我有用，但我找到了这个指南，并且它奏效了。当我只需要一些简单的命令时，花了太多时间尝试所有这些。 https://developers.refinitiv.com/en/article-catalog/article/setup-jupyter-notebook-r

我已经安装了 R 和 python，所以我跳到第 3 步。似乎唯一提到的是 windows，但它在 mac 上也对我有用。跟随他们之后，我能够在 jupyter 的单元格中使用 install.packages("dplyr", repos = "http://cran.us.r-project.org") 安装软件包。

无法在Jupyter Notebook中安装R软件包

5 个答案: