Question

我无法在python（python变量）中传递一个字符串作为命令行（bash）上的序列对齐程序（muscle）的输入。 muscle可以从命令行获取stdin，例如;

~# echo -e ">1\nATTTCTCT\n>2\nATTTCTCC" | muscle

MUSCLE v3.8.31 by Robert C. Edgar

http://www.drive5.com/muscle
This software is donated to the public domain.
Please cite: Edgar, R.C. Nucleic Acids Res 32(5), 1792-97.

- 2 seqs, max length 8, avg  length 8
00:00:00     22 MB(2%)  Iter   1  100.00%  K-mer dist pass 1
00:00:00     22 MB(2%)  Iter   1  100.00%  K-mer dist pass 2
00:00:00     23 MB(2%)  Iter   1  100.00%  Align node       
00:00:00     23 MB(2%)  Iter   1  100.00%  Root alignment
>1
ATTTCTCT
>2
ATTTCTCC

我正在进行的这个fasta对齐（最后4行） - 您可以重定向肌肉的输出（echo -e ">1\nATTTCTCT\n>2\nATTTCTCC" | muscle > out.file以获得我需要进行下游处理的fasta对齐。请到达那里，我必须传递'肌肉'FASTA序列字符串，我认为最好通过bash中的echo完成。

因此，该脚本需要两个multiFASTA文件，并根据每个文件的ID列表配对每个FASTA序列 - 这是有效的（虽然我意识到它可能不是最有效的方法 - 我是新的python用户）。然后我需要在计算距离/差异之前对齐muscle中的每个集合。

这是我到目前为止所做的：

#! /env/python
from pairwise_distances import K2Pdistance
import pairwise_distances
import subprocess
from subprocess import call
import os     

fasta1=['']
for line in open('test1.fasta'):
    if not line.startswith('>'):
         fasta1.append(line.strip())

fasta2=['']
for line in open('test2.fasta'):
    if not line.startswith('>'):
         fasta2.append(line.strip())

for l1, l2 in zip(open('test1.list'), open ('test2.list')):
 try:
   a=fasta1[int(l1)]
 except IndexError,e:  
   a="GGG"

 try:
   b=fasta2[int(l2)]
 except (IndexError):
   b="CCC"

 temp_align=str(">1"+'\n'+a+'\n'+">2"+'\n'+b) 

 first=subprocess.check_output(['echo','-e',temp_align])
 print first
 subprocess.call(['bash','muscle'], stdin=first.stdout)
 print second

 #new=K2Pdistance(outfast1,outfast2) 
 #subprocess.Popen(['bash','muscle'], stdin=subprocess.check_output(['echo','-e',temp_align], stdout=subprocess.PIPE).std.out)`

'temp_align'变量是我想要传递给肌肉的 - 它是每个multiFASTA文件中相应的fasta序列组合的结果，对于每个循环都在ids /列表上，并且格式化为FASTA文件。

这个问题是我可以echo FASTA字符串，但我似乎无法“管道”通过stdin到肌肉...我得到的主要错误是：AttributeError: 'str' object has no attribute 'stdout'。

~#python Beta3.py 
>1
ATCGACTACT
>2
ATCGCGCTACT

Traceback (most recent call last):
  File "Beta3.py", line 38, in <module>
    subprocess.call(['bash','muscle'], stdin=first.stdout)
AttributeError: 'str' object has no attribute 'stdout'

子进程或其他命令行模块可以将字符串作为stdin吗？如果没有，我不知道我怎么能回声，然后管成肌肉...... 任何其他想法将不胜感激。我尝试了这个帖子unix.stackexchange

中的一些选项

但没有运气。

编辑：以下是一些示例文件：

~# cat test1.fasta 
>1
ATCGACTACT
>2
ACTCAGTCA
>3
TTCACAGGG
~# cat test2.fasta 
>1
ATCGCGCTACT
>2
GGCGTCAGTCA
>3
TTCAACCCCAGGG
~# cat test1.list 
1
2
3
~# cat test2.list 
1
3
2

编辑2：上一篇文章是相关的，但我的问题是关于从一个字符串的python变量开始链接两个bash命令...然后，理想情况下，将第二个命令的stdout捕获回python变量...我不太明白如何将该帖子的答案翻译成我特定问题的解决方案......我想我不会完全理解这张海报试图做的事情。

Answer 1

您似乎希望与muscle进程通信，然后需要PIPE，请使用此

(out, err) = subprocess.Popen(['muscle'], stdin=subprocess.PIPE, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE).communicate(temp_align)
print out

通过echo管道将python变量（字符串）传递给bash命令

1 个答案: