R散点图中的点数高于/低于阈值

Question

我有两个rna seq数据样本的散点图，这些样本归一化为log2标度。我在R工作。我希望大多数值落在x = y线上，但是我有兴趣找到超出该范围的点数以消除“噪音”。如何获得高于和低于某个阈值的点数（即红线：1 + logx，1 + logy）。

plot(log2(data$SRR850589_sorted/19108931*1000000+.5),
             log2(data$SRR850604_sorted/22989410*1000000+.5),
             xlab="log(SRR850589)", ylab="lg(SRR85604)")
abline(0,1,col='cyan')
abline(1,1,col='red')
abline(-1,1,col='red')

Answer 1

对于每个x，y对，使用拟合函数确定每个y值与每个x值的拟合线的距离。例如，假设我们要标记距离拟合线至少5个单位的点（垂直方向）：

＆＃xA;＆＃xA;

  set.seed（ 10）＆＃xA; x = runif（100,0,10）＆＃xA; y = 2 * x + 5 + rnorm（100,0,5）＆＃xA; m1 = lm（y~x）＆＃ xA;  

＆＃xA;＆＃xA;

要获得超过5个单位的点数：

＆＃xA;＆＃xA;

  table（abs（y  - （coef（m1）[1] + coef（m1）[2] * x））＆gt; 5）＆＃xA;  

＆＃xA;＆＃xA ;

＆＃xA;

  FALSE TRUE＆＃xA; 63 37＆＃xA;  

＆＃xA;

＆＃xA;＆＃xA;

绘制点数：

＆＃xA;＆＃xA; < pre> plot（x，y，type =“n”）＆＃xA; abline（coef（m1））＆＃xA; abline（coef（m1）+ c（5,0），col =“red “）＆＃xA; abline（coef（m1） - c（5,0），col =”red“）＆＃xA; points（x，y，pch = 16，col = ifelse（abs（y - （coef） （m1）[1] + coef（m1）[2] * x））＆gt; 5，“蓝色”，“红色”））＆＃xA; ＆＃xA;＆＃xA ;

＆＃xA;