我需要读取模板文件test.txt，修改内容，然后将名为foo`i`.in的修改后的副本写入磁盘（i是迭代编号）。由于我需要多次执行此操作（一百万次并不常见），因此优选有效的解决方案。模板文件是这样的：
1
bar.out
70.000000000000000
2.000000000000000
14.850000000000000
8000.000000000000000
120.000000000000000
60.000000000000000
0.197500000000000
0.197500000000000
2.310000000000000
0.200000000000000
0.000000000000000
1.000000000000000
0.001187700000000
22.000000000000000
1.400000000000000
1.000000000000000
0.010000000000000
100
0.058600000000000
-0.217000000000000
0.078500000000000
-0.110100000000000
30
500.000000000000000
T
我不需要修改所有行，只需修改其中一些行。具体来说，我需要将bar.out修改为bar`i`.out，其中i是迭代索引。我还需要使用以下值修改一些数字行：
parameters <- data.frame(index = c(1:10, 13:16, 21:22), variable = c("P1",
"P2", "T1", "s", "D", "L", "C1", "C2", "VA",
"pw", "m", "mw", "Cp", "Z", "ff_N", "ff_M"),
value = c(65, 4, 16.85, 7900, 110, 60, 0.1975, .1875, 2.31,
0.2, 0.0011877, 22.0, 1.4, 1.0, 0.0785, -0.1101))
所有其他行必须保持不变，包括最后一行T。因此，假设我在第一次迭代时，预期输出是一个名为foo1.in的文本文件，其内容（确切的数字格式并不重要，只要所有parameters$value中包含foo1.in中的有效数字：
1
bar1.out
65.000000000000000
4.000000000000000
16.850000000000000
7900.000000000000000
110.000000000000000
60.000000000000000
0.197500000000000
0.187500000000000
2.310000000000000
0.200000000000000
0.000000000000000
1.000000000000000
0.001187700000000
22.000000000000000
1.400000000000000
1.000000000000000
0.010000000000000
100
0.058600000000000
-0.217000000000000
0.078500000000000
-0.110100000000000
30
500.000000000000000
T
修改foo.in和bar.out非常简单：
template <- "test.txt"
infile <- "foo.in"
string1 <- "bar.out"
iteration <- 1
# build string1
elements <- strsplit(string1, "\\.")[[1]]
elements[1] <- paste0(elements[1], iteration)
string1 <- paste(elements, collapse = ".")
# build infile name
elements <- strsplit(infile, "\\.")[[1]]
elements[1] <- paste0(elements[1], iteration)
infile<- paste(elements, collapse = ".")
现在，我想阅读模板文件并仅修改预期的行。我面临的第一个问题是read.table只输出一个数据框。由于我的模板文件在同一列中包含数字和字符串，如果我用read.table读取所有文件，我将获得一个字符列（我猜）。我只通过阅读我感兴趣的数值来避免这个问题：
# read template file
temp <- read.table(template, stringsAsFactors = FALSE, skip = 2, nrows = 23)$V1
lines_to_read <- temp[length(temp)]
# modify numerical parameter values
temp[parameters$index] <- parameters$value
但是，现在我不知道怎么写foo1.in。如果我使用write.table，我只能将矩阵或数据帧写入磁盘，因此我无法在同一列中编写包含数字和字符串的文件。我怎么解决这个问题？
编辑我提供了一些关于这个问题的背景知识，解释为什么我需要多次编写这个文件。因此，想法是对计算机代码（可执行程序）的校准参数执行贝叶斯推断。基本思路很简单：你有一个黑盒子（商业）计算机代码，模拟物理问题，例如FEM代码。我们将此代码称为Joe。给定输入文件，Joe输出物理系统响应的预测。现在，我还对该系统的响应进行了实际的实验测量。我想找到Joe的输入值，以便将Joe的输出与实际测量之间的差异最小化（实际情况完全不同，但这只是为了给出一个想法）。在实践中，这意味着我需要使用不同的输入文件多次运行Joe，并迭代地找到减少＆＃34;差异的输入值。乔的预测和实验结果之间。简而言之：
所以，虽然Joe是一个商业代码，我只有可执行文件（没有源代码），贝叶斯推理是在R中执行的，因为R（以及，重要的是，Python）有很好的工具来执行这种研究。
答案 0 :(得分：4)
使用模板语言（例如Mustache）可以最简单地解决这个问题，该模板语言在whisker包中的R中实现。
下面是一个示例，说明如何在您的情况下完成此操作。例如，我只实现了前三个变量和bar1.out。实现剩余的变量应该是直截了当的。
library(whisker)
# You could also read the template in using readLines
# template <- readLines("template.txt")
# but to keep example selfsufficient, I included it in the code
template <- "1
bar{{run}}.out
{{P1}}
{{P2}}
{{T1}}
8000.000000000000000
120.000000000000000
60.000000000000000
0.197500000000000
0.197500000000000
2.310000000000000
0.200000000000000
0.000000000000000
1.000000000000000
0.001187700000000
22.000000000000000
1.400000000000000
1.000000000000000
0.010000000000000
100
0.058600000000000
-0.217000000000000
0.078500000000000
-0.110100000000000
30
500.000000000000000
T"
# Store parameters in a list
parameters <- list(
run = 1,
P1 = 65,
P2 = 4,
T1 = 16.85)
for (i in seq_len(10)) {
# New set of parameters
parameters$run <- i
parameters$P1 <- sample(1:100, 1)
# Generate new script by rendering the template using paramers
current_script <- whisker.render(template, parameters)
writeLines(current_script, paste0("foo", i, ".in"))
# Run script
# system(...)
}
小胡子做了什么（在这种情况下;更复杂的模板是可能的;例如条件元素）用{{<variable>}}列表中的相应值替换所有parameters。
答案 1 :(得分：3)
听起来你需要自定义读/写功能;不理想，但是当你有一个类似混合列的东西时，你已经偏离了＃34;整洁的数据＆＃34; （无论是否整洁）。
简化我认为你需要的三个功能：
read_myfile <- function(x) {
# mostly during dev
if (file.exists(x)) x <- readLines(x)
if (length(x) == 1) x <- strsplit(rawfile, "\n")[[1]]
# find all left-aligned NAMED rows
hdrs <- grep("[A-Za-z]", x)
hdrs <- c(1, hdrs) # ensure the first "1" is preserved
dat <- mapply(function(a,b,x) if (b >= a) as.numeric(x[seq(a, b)]),
hdrs + 1, c(hdrs[-1] - 1, length(x)), list(x),
SIMPLIFY = FALSE)
names(dat) <- trimws(x[hdrs])
dat
}
mod_myfile <- function(x, i, params) {
# sanity checks
stopifnot(
is.list(x),
is.numeric(i),
is.data.frame(params),
all(c("index", "value") %in% colnames(params))
)
isbarout <- which(names(x) == "bar.out")
stopifnot(
length(isbarout) == 1
)
x$bar.out[ params$index ] <- params$value
names(x)[isbarout] <- sprintf("bar%i.out", i)
x
}
write_myfile <- function(x, ...) {
newdat <- unlist(unname(
mapply(function(hdr, dat) c(hdr, sprintf("%25.15f ", dat)),
names(x), x, SIMPLIFY = TRUE)
))
writeLines(newdat, ...)
}
使用很简单。我将以单个字符串开头来模拟输入模板（read函数与字符串一样，与文件名一样）：
rawfile <- "1
bar.out
70.000000000000000
2.000000000000000
14.850000000000000
8000.000000000000000
120.000000000000000
60.000000000000000
0.197500000000000
0.197500000000000
2.310000000000000
0.200000000000000
0.000000000000000
1.000000000000000
0.001187700000000
22.000000000000000
1.400000000000000
1.000000000000000
0.010000000000000
100
0.058600000000000
-0.217000000000000
0.078500000000000
-0.110100000000000
30
500.000000000000000
T
"
首先，请阅读数据：
dat <- read_myfile(rawfile)
# dat <- read_myfile("file.in")
str(dat)
# List of 3
# $ 1 : NULL
# $ bar.out: num [1:24] 70 2 14.8 8000 120 ...
# $ T : NULL
您将以某种方式确定应该如何更改的参数。我将使用您以前的数据：
parameters <- data.frame(
index = c(1:10, 13:16, 21:22),
variable = c("P1", "P2", "T1", "s", "D", "L", "C1", "C2",
"VA", "pw", "m", "mw", "Cp", "Z", "ff_N", "ff_M"),
value = c(65, 4, 16.85, 7900, 110, 60, 0.1975, .1875, 2.31,
0.2, 0.0011877, 22.0, 1.4, 1.0, 0.0785, -0.1101)
)
第一个参数是read_myfile的输出;第二个是你要扩充的迭代器bar.out;第三个是parameters data.frame：
newdat <- mod_myfile(dat, 32, parameters)
str(newdat)
# List of 3
# $ 1 : NULL
# $ bar32.out: num [1:24] 65 4 16.9 7900 110 ...
# $ T : NULL
现在把它写出来。
write_myfile(newdat, sprintf("foo%d.in", 32))
我不知道@ GiovanniRighi在单个R会话中的性能会如何比较，但这些文件中的1000个在我的计算机上只需不到7秒。