读取R中的表，注释行以“##”开头

Question

我正在努力用R用Variant Call Format（VCF）读取我的表格。 每个文件都有一些注释行以“##”开头，然后是标题，以“＃”开头。

## contig=<ID=OTU1431,length=253>
## contig=<ID=OTU915,length=253>
#CHROM  POS ID  REF ALT QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  /home/sega/data/bwa/reads/0015.2142.fastq.q10sorted.bam
Eubacterium_ruminantium_AB008552    56  .   C   T   228 .   DP=212;AD=0,212;VDB=0;SGB=-0.693147;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,212;MQ=59    GT:PL   1/1:255,255,0

如何在不丢失标题的情况下阅读此类表格？ 将read.table（）与comment.char ='##'一起使用会返回错误：“invalid'views.char'参数”

Answer 1

如果您想阅读VCF，您也可以尝试使用Biocondcutor中VariantAnnotation的 readVcf 。 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/VariantAnnotation.html

否则，我强烈推荐data.table中的 fread 功能。 它允许您使用 skip 参数，以便在找到子字符串时开始导入。

e.g。

fread("test.vcf", skip = "CHROM")

应该有用。