在R上在整个矩阵上创建热图，而不是按行

Question

Desired Output我想在R中创建一个热图，它应该考虑矩阵中所有值的颜色格式，而不仅仅是行。例如：我有一个以下的matix

row1 : 1,2,3,4
row2 : 50,50,50,50

当我使用heatmap()绘制此矩阵时，我会看到第1行带有颜色阴影，但我的row2标记为白色。我宁愿让50被评为极端颜色（例如：红色）和1,2,3和＆amp; 4浅色调

希望我的问题有道理。如果有任何不清楚的地方，请告诉我。 提前谢谢！

此致 Akshat

Answer 1

如果您仔细阅读?heatmap，则会看到默认情况下，行会按比例缩放，居中。

row1 = c(1,2,3,4)
row2 = c(50,50,50,50)
m = t(as.matrix(cbind(row1, row2)))
par(mfrow=c(2,1))
heatmap(m, col=rev(heat.colors(15)))
heatmap(m, scale = "none", col=rev(heat.colors(15)))

应该做的伎俩。

居中和缩放（默认）

编辑：我颠倒了色阶，使红色映射到更大的值。

第二：您想要的输出很难获得，因为50比其他数据大得多。要重新获得第1行中的颜色详细信息，您需要在breaks函数中设置heatmap，直到获得所需的结果

heatmap(m, scale = "none", col=rev(heat.colors(5)), breaks=c(0,1,2,3,4,50))

Answer 2

此功能应该有效

library(plotly)
hmap <- function(mat, ... ) {
s <- 1:nrow(mat)
plot_ly(x = s, y = s, z = mat[rev(s), ], type = "heatmap", ...)
}

m <- matrix(1:8, 2, byrow = T)
hmap(m)

您可以使用colors参数调整颜色，例如

hmap(m, colors = c('Red','Yellow','Green'))